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chiapas
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
 Inserito il - 03 ottobre 2008 : 12:00:22
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Ragazzi salve a tutti. Mi chiedevo se esistesse qualche programma che date due sequenze aminoacidiche in input dia i possibili punti di interazione, tra le due sequenze, in otput. Grazie mille cordiali saluti e buon lavoro. E mi raccomando per tutti i ricercatori, ora e sempre resistenza, alzate la testa e siate consapevoli che senza di noi le università non sono niente. bye bye
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 03 ottobre 2008 : 14:27:55
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Per favore rispetta la netiquette del forum quando apri un topic:
- non scrivere tutto maiuscolo
- non mettere 'disperatamente' 'aiuto' etcc nel titolo
- metti un titolo significativo al topic. Un buon titolo e' una frase tale da mettere gli altri utente nelle condizioni di capire immediatamente quale e' il senso della tua richiesta, senza aprire il topic.
Esempio: 'cerco programma per prevedere interazioni tra sequenze'.
Per questa volta ok :).
Cmq quello che chiedi tu non e' semplice.
Che tipo di interazioni intendi?
Idealmente bisogna prima prevedere la struttura tridimensionale delle proteine (almeno quella piu' stabile), e poi calcolare tutti i possibili punti di interazione, e calcolarne l'energia per farsi una idea di quale e' quella piu' conveniente e piu' stabile.
Se le due proteine sono gia' sequenziate ed annotate in database, puoi provare a vedere se vi sono gia' delle interazioni annotate sperimentalmente o predette. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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chiapas
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 03 ottobre 2008 : 18:05:25
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Ciao, grazie del suggerimento, sbadatamente non avevo letto il regolamento. Cmq le due proteine che interessano a me sono state sequenziate e la loro struttura tridimensionale predetta da tempo. Il fatto è che trattasi di proteine molto grosse, e dato che sapere le loro possibili interazioni (cosa ancora sconosciuta in letteratura) mi aiuterebbe a risolvere una pathway, cerco un programma che mi dia tutti i possibili tipi di interazione tra le due. Grazie alla prossima
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