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Autore Discussione  

Patrizio
Moderatore

mago
Cittā: Barcellona


1912 Messaggi
Inserito il - 10 ottobre 2008 : 23:19:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ai bioinformatici e non
volevo chiedervi se conoscete altri programmi oltre genscan che analizzano le sequenze,visto che ho provato con una sequenza nota,e sineramente non ha azzeccato niente se non il numero di esoni,magari con altri programmi riesco ad avere dei risultati piu' attendibili

thanks

frau_frosch
Utente Junior

Mourn

Cittā: Boston


225 Messaggi
Inserito il - 11 ottobre 2008 : 17:18:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di frau_frosch Invia a frau_frosch un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mmm..provato con Genome Scan?
http://genes.mit.edu/genomescan.html
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Patrizio
Moderatore

mago

Cittā: Barcellona


1912 Messaggi
Inserito il - 13 ottobre 2008 : 14:20:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Frau_frosh,avevo gia' provato con questo...pero' mi cade la pagina e non mi fa la scansione .....
ricordo che ce n era uno con una drosophila come logo..ma non ricordo il nome

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Patrizio
Moderatore

mago

Cittā: Barcellona


1912 Messaggi
Inserito il - 13 ottobre 2008 : 20:11:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Frau_frosh concludo....dicendo che ho ritrovato fruitfly e mi ha dato degli attimi risultati

http://www.fruitfly.org/seq_tools/splice.html

thnks

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frau_frosch
Utente Junior

Mourn

Cittā: Boston


225 Messaggi
Inserito il - 14 ottobre 2008 : 13:56:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di frau_frosch Invia a frau_frosch un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
perfetto...allora lo "bookmarko" questo sito ihih
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 14 ottobre 2008 : 18:00:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Spiegati bene, non si capisce esattamente quello che vuoi fare.
Cosa vuol dire 'analizzare una sequenza'?

Se vuoi fare le cose per bene dovresti leggerti un po' di bibliografia per capire quello che stai facendo, altrimenti ti sarā difficile interpretare i risultati!!
Ti consiglio di partire da una review come questa:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15193305?ordinalpos=2&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Patrizio
Moderatore

mago

Cittā: Barcellona


1912 Messaggi
Inserito il - 14 ottobre 2008 : 20:34:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sinceramente pensavo si capisse in quanto avevo parlato di genscan...e l unica analisi che sapevo facesse era quella di vedere dove iniziano e finiscono gli esoni ed introni dando uno score piu' o meno alto
cmq in pratica devo inserire una mutazione in un trascritto e volevo vedere se mi cambiava la lunghezza dell esone,o meglio ancora come ho fatto con fruitfly vedere se mi variava lo score dei siti AG/GT di splicing

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