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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
 Inserito il - 17 ottobre 2008 : 15:23:18
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Salve a tutti. Sto cercando qualche articolo o qualche citazione che parli di come si è deciso di studiare i promotori (quelli definiti come 5' a monte di un gene) piuttosto che tutte le regioni regolatrici. Capisco benissimo che è un modo per semplificare lo studio ma non trovo alcuna referenza a riguardo...
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Rosy85
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 17 ottobre 2008 : 18:23:57
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io non ho capito |
Nasce, cresce e poi finisce. Per quanto triste è la legge universale.
Ciò che è stato nn tornerà. Il massimo che puoi fare è sperare che quello che sarà, sia meglio.
Nessun rimorso nè rimpianto, è inutile.
Carpe diem: panta rei |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 18 ottobre 2008 : 09:56:38
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| sostanzialmente volevo sapere se qlk sa perchè si studia la regione a monte del gene (anche per Kb) piuttosto che quella a valle. Trascurando il promotore minimo e qualche elemento prossimale (200-300bp) perchè si preferisce ricercare i binding site a monte e non a valle del gene? è riconosciuto che anche gli elementi regolativi a valle del gene possono alterare l'espressione del gene stesso. |
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Nick_row
Utente Junior
361 Messaggi |
Inserito il - 18 ottobre 2008 : 10:07:40
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...io non credo che qualcuno non lo faccia già... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 ottobre 2008 : 10:30:56
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Non ti saprei dare un articolo, ma potresti cercare tra le review sui predittori di geni e su qualche rivista di bioinformatica.
Penso che il motivo sia proprio quello che hai detto tu, ovvero che a monte si trova il promotere minimo e generalmente qualche elemento di regolazione, che sono generalmente il punto di partenza per la maggior parte delle analisi.
Inoltre forse non é così facile individuare il punto di termine di un gene - ci sono meno elementi regolatori a cui affidarsi, e sono meno conosciuti. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Rosy85
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 18 ottobre 2008 : 20:20:51
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| io non penso che ci sia una discriminazione..quando si cercano i promotori, gli enhancer ecc mica si guarda solo a monte..? |
Nasce, cresce e poi finisce. Per quanto triste è la legge universale.
Ciò che è stato nn tornerà. Il massimo che puoi fare è sperare che quello che sarà, sia meglio.
Nessun rimorso nè rimpianto, è inutile.
Carpe diem: panta rei |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 19 ottobre 2008 : 09:56:27
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leggendo articoli qui e la (solo nel settore vegetale) ho notato che quando studiano gli elementi regolativi si sofferamano per il 90% dei casi a studiare la regione a monte. Magari nel settore medico le cose sono diverse(?). Ogni vostra considerazione è ben accetta così ci riflettiamo su insieme.
ad esempio ho notato che non esiste una definizione univoca di promotore. Dico bene? |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 19 ottobre 2008 : 16:34:09
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La motivazione è elementare
nel 90% dei casi le regioni regolatorie si trovano a monte del gene, talvolta anche a 10-50 kb di distanza.
Quando fai uno di questi studi, ovvero trovare le regioni regolatorie di un gene, è ovvio che vai nella direzione dove hai più probabilità di trovare qualcosa. Alcuni cercano le regioni regolatorie anche all'interno di introni ed a valle, ma solo quando hanno già qualche sospetto che porti loro a pensare che ci sia effettivamente qualcosa in quelle regioni, tipo con analisi software delle sequenze o altri esperimenti preliminari.
Non è discriminazione quindi, si tratta di studi lunghi e complicati, spesso non sai se riuscirai a trarne qualcosa di buono, quindi quando inizi vai nella direzione con maggiore probabilità di successo o che sai già che ci può essere qualcosa.
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Discussione |
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5' a monte del 
