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RNA world
Utente Junior

dna


370 Messaggi
Inserito il - 03 novembre 2008 : 18:26:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di RNA world Invia a RNA world un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti,

esiste un programma per fare un confronto tra sequenze che abbia le stesse caratteristiche di "DOTTER", cioè fà un dot plot , ma aggiornato, cioè migliore di dotter?

grazie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 03 novembre 2008 : 18:32:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Probabilmente si può fare con R, ma non so dirti come
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RNA world
Utente Junior

dna



370 Messaggi
Inserito il - 04 novembre 2008 : 11:11:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di RNA world Invia a RNA world un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
il problema di dotter e' che bisogna lanciarlo dal comando esegui di windows, non e' molto pratico insomma, quindi mi chiedevo se in questi 10 anni qualcuno avesse fatto un altro programma.

ciao
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 04 novembre 2008 : 12:37:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hmmm... se è solo quello il problema puoi fare uno shortcut sul desktop...

Comunque ci sono un po' di tools online:
http://www.vivo.colostate.edu/molkit/dnadot/
http://www.bioinf.ebc.ee/dotplot/

Nel package seqInr di R trovi anche la funzione dotPlot (tutto opensource)
http://cran.univ-lyon1.fr/web/packages/seqinr/index.html

Lo stesso nei "bioinformatic tools" di Matlab (a pagamento, sia il programma, sia i tools)
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RNA world
Utente Junior

dna



370 Messaggi
Inserito il - 04 novembre 2008 : 18:56:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di RNA world Invia a RNA world un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie, ho provato i tool online ed il secondo e' carino... proverò invece il pacchetto.zip al più presto.
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