vettori di espressione: CDS e codici NM

Forum

Registrati Discussioni Recenti Preferiti Utenti Cerca Regolamento RSS Statistiche

Utilità

I libri
consigliati:

Metodologia biochimica.Le bioscienze ele biotecnologie in laboratorio. Nuova edizione
John Walker, Keith Wilson

Darwin
Jonathan Howard

Lettere (1825-1859)
Charles Darwin

Altri Libri

Nome Utente:	Password:
Riconoscimi automaticamente

Tutti i Forum

Laboratorio

Bioinformatica e Biostatistica

vettori di espressione: CDS e codici NM_

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Risorse di Bioinformatica:

Guide tools online

Blog InsideBioinfo

Siti di Bioinformatica

Protocolli

Ultime notizie

Aggiungi i tag

Quanto � utile/interessante questa discussione:

Autore

Discussione

carlo.m
Nuovo Arrivato

10 Messaggi

Inserito il - 19 novembre 2008 : 22:24:03

Ciao a tutti.
Mi interessa clonare un full lenght di una proteina all'interno di un vettore di espressione.
Per trovare la sequenza codificante (CDS) ho cercato il mio gene d'interesse in Pubmed-Nucleotide. Tra le tante sequenze, ho preso in considerazione quella in homo sapiens caratterizzata da codici NM_(vari numeri). (Tra l'altro, gli altri codici che significato hanno?).
Alcuni geni hanno pi� codici NM_ perch� hanno pi� varianti (o isoforme che dir si voglia); infatti cercando il gene d'interesse in Pubmed-Gene si osserva che le varie isoforme vengono riportate con i rispettivi NM_.

La domanda �: se trovo 1 solo codice NM_, posso essere sicuro che il mio gene non ha varianti (e quindi quando faccio una RT-PCR devo per forza avere la sequenza CDS indicata nell'NM_ altrimenti sono in presenza di una mutazione dovuta alla PCR) oppure il tutto merita una ricerca pi� approfondita? Ed eventualmente dove o con quali software?

E in tutto questo, gli EST centrano niente?

Grazie e ciao a tutti!!!

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 19 novembre 2008 : 23:40:58

Citazione:

La domanda �: se trovo 1 solo codice NM_, posso essere sicuro che il mio gene non ha varianti (e quindi quando faccio una RT-PCR devo per forza avere la sequenza CDS indicata nell'NM_ altrimenti sono in presenza di una mutazione dovuta alla PCR) oppure il tutto merita una ricerca pi� approfondita? Ed eventualmente dove o con quali software?

Questo no: il fatto che vi sia un solo trascritto indicato nel database vuol dire che vi � solo un trascritto conosciuto; per� non puoi sapere se ve ne sono altri non conosciuti/annotati.
Immagino tu debba fare dei controlli durante la clonazione, o semplicemente, se trovi un trascritto in pi� nell RT-PCR vuol dire che hai trovato un trascritto non presente nel database.

Le EST ti potrebbero dare una idea della possibile presenza di trascritti alternativi del gene, ma utilizzarle per fare una analisi corretta potrebbe non essere triviale.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)