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camilla
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
 Inserito il - 01 febbraio 2006 : 16:50:22
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ragazzi ciaoooo,
come va?
vorrei un piccolo aiutino:
qualcuno saprebbe disegnarmi una sequenza palindromica???
thanks
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 16:54:18
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Se non sbaglio e' una sequenza di questo tipo:
5' attgcacgtta 3'
e' uguale sia che la leggi da 5' a 3' che viceversa!! |
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Saretta
Utente Junior
Prov.: Roma
Città: Provincia di Roma
263 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 17:14:07
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Per esempio c'è questa sequenza riconosciuta dall'enzima EcoRI
5'-gaattc-3'
3'-cttaag-5'
Una sequenza palindromica ha la stessa sequenza nucleotidica in entrambi i filamenti ma in senso opposto, antiparallelo. |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 17:32:03
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ah, ecco.. ignora la mia risposta e ascolta Saretta che e' meglio  !
Ciao  ciao |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 17:41:20
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no, Valia guarda che hai ragione tu!
La caratteristica di una seq. palindromica è che se ne disegni l'allineamento in dotplot con se stessa, ottieni una croce.
Forse però per impararselo meglio il sistema migliore è visitare questo sito: http://www.palindromelist.com/
p.s. vorrei far notare: 'evil olive' |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 18:13:20
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Ah  ! Really?
Dimostrazione di grande fiducia in me stessa, eh?
Spero solo che ora Camilla non abbia le idee piu' confuse di prima!
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Saretta
Utente Junior
Prov.: Roma
Città: Provincia di Roma
263 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 19:00:38
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Di sicuro lo sono io adesso...
Io sapevo che quello che ho scritto era un palindromo..ho sbagliato? |
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camilla
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 19:46:02
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ragazzi, grazie...
ma quindi se la prof mi chiede di disegnare una sequenza palindromica,
per favore, io cosa devo fare?
help me....
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 19:47:19
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no entrambe sono corrette,
solo definizioni diverse. |
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camilla
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 19:52:14
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si, ok, ma scusate se insisto...
la prof mi chiederà di disegnare una sequenza palindromica...
io cosa devo fare?
disegnare tutti e due i filamenti...
forse non mi è chiaro
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camilla
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 20:00:42
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Citazione:
Messaggio inserito da camilla
si, ok, ma scusate se insisto...
la prof mi chiederà di disegnare una sequenza palindromica...
io cosa devo fare?
disegnare tutti e due i filamenti...
forse non mi è chiaro
cioè dov'è la simmetria?
boh...
non ho capito..
chi mi disegna una bella sequenza palindromica e mi spiega un pò ??? |
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data
Nuovo Arrivato
Prov.: Torino
Città: Torino
89 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 20:10:09
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Io, nell'ambito di un esame di biologia molecolare e affini, espliciterei che sto scrivendo una seq. palindromica del genere riconosciuto dagli enzimi di restrizione e metterei appunto un
5gaattc3
3cttaag5
o chi per lui.
La definizione più vasta è quella che si applica a osso, otto, 1991...però io sincermente vedo più "in tema" la prima.
(ecco, se vuoi salvare capra e cavoli e fare la sofisticata metti questa con basi tutte uguali al centro: http://www.neb.com/nebecomm/products/productR0521.asp)
(se poi vuole che tu disegni proprio la struttura chimica del DNA allora mi spiace ma non ti posso aiutare, mi ricordo i deliri al tempo di biochimica con gente che si arrotolava eliche infinite alla lavagna...). |
http://www.medito.eu.org/vodka/odierno |
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laura85
Nuovo Arrivato
106 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 20:16:57
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io scriverei così:
5'-gaattc-3'
3'-cttaag-5' dicendo che EcoRI genera estremità 5' protruding.....
ovvero taglia in modo simmetrico:
5'-g aattc-3'
3'-cttaa g-5'
è giusto? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2006 : 20:49:45
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Concordo con AleXo, sono definizioni diverse, anche se io sarei piu propenso a mettere la seq di un enzima di restrizione.
E, giusto per sfoggiare inutili conoscenze:
"In girum imus nocte et consumimur igni" |
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laura85
Nuovo Arrivato
106 Messaggi |
Inserito il - 02 febbraio 2006 : 10:47:29
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va bene quello che ho scritto io?
oppure dico cavolate? |
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camilla
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2006 : 14:32:27
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Citazione:
Messaggio inserito da laura85
io scriverei così:
5'-gaattc-3'
3'-cttaag-5' dicendo che EcoRI genera estremità 5' protruding.....
ovvero taglia in modo simmetrico:
5'-g aattc-3'
3'-cttaa g-5'
è giusto?
allora in sede d'esame scriverò proprio questo...
è giusto?
va bene?
oppure no?
è una sequenza palindromica?
è tutto coretto o la prof potrebbe mettermi in difficoltà?
Grazie1000 |
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Saretta
Utente Junior
Prov.: Roma
Città: Provincia di Roma
263 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2006 : 15:52:41
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| Bè sul mio libro di genetica c'è quella di definizione quindi non credo che la prof ti potrebbe far problema... |
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camilla
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2006 : 19:30:57
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ok, ragazzi grazie |
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Avogadra
Nuovo Arrivato
33 Messaggi |
Inserito il - 08 aprile 2009 : 19:17:06
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| giusto fai riferimento ai siti d restrizione, la deifinizione infatti è riferita ai due filamenti ovvero la sequenza palindromiche è la medesima sequenze sui DUE filamenti letti nella stessa direzione....e non sullo stesso filamento. Quindi quello che ha scritto Valia non è corretto. ciao ciao |
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bellastoria
Nuovo Arrivato
Prov.: Bayern
Città: wuerzburg
21 Messaggi |
Inserito il - 09 aprile 2009 : 09:39:17
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Dunque, non vorrei essere di troppo, ma per mettere un po' di chiarezza.... Una sequenza palindromica (parliamo di DNA) è:
Una sequenza Nucleotidica che è identica al suo filamento complementare quando entrambi vengono letti nella stessa direzione chimica.
-> attenzione! La sequenza è palindromica già quando questa condizione è realizzata.
Es.
5'-gaattc-3'
3'-cttaag-5'
una sequenza palindromica quindi non potrà mai essere simmetrica in uno stesso filamento:
ES.
5'-gattag-3' NON è palindromica!
se io prendo il suo complementare
3'-ctaatc-5'
e lo leggo nello stesso verso chimico...5'->3' non è la stessa cosa... quindi non è un palindromo...
Attenzione... il tipo di taglio che effettua un enzima di restrizione, estremita (piatte o sporgenti)... non c'entra con ul fatto che riconosca una sequenza palindromica, questa è tutt'altra cosa...
Spero di non aver fatto ancor apiù confuzione....
a presto
F. |
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Discussione |
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sequenza palindromica
Didattica
