mutazione silente per sito di restrizione

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Autore

Discussione

Heschen
Nuovo Arrivato

Prov.: Venezia

2 Messaggi

Inserito il - 04 dicembre 2008 : 18:45:48

Ciao!
Ho un problema che riguarda un clonaggio. Devo (spiegare perch� DEVO mi prenderebbe davvero troppo tempo) tagliare il mio inserto in una parte che non contiene siti di restrizione e volevo crearne uno de novo con una mutazione silente. In pratica avrei bisogno di un programma (se esiste) in grado di riconoscere nella sequenza del mio inserto il sito di taglio meno una base. Per spiegarmi: dato EcoRI che taglia in GAATTC, vorrei vedere evidenziate tutte le AATTC o le GAATT all'interno della mia sequenza. Non so se mi sono spiegato. Ho cercato in vari programmi per l'allineamento di sequenza, ma sono tutti come BLAST e non � quello che cerco.
Grazie in anticipo.

Patrizio
Moderatore

Citt�: Barcellona

1912 Messaggi

Inserito il - 04 dicembre 2008 : 19:19:10

se vuoi cercare i siti di restrizione nella tua sequenza potresti inserirla qui

Nebcutter

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 04 dicembre 2008 : 20:36:08

Beh ma cos� troverebbe solo le sequenze "complete" dei siti di restrizione!

Ti consiglio di utilizzare (a parte come risponderebbe qualcuno un editor di testo!

) dei programmi per la ricerca di primers, al posto di fargli cercare il primer sulla sequenza gli fai cercare il pezzettino che ti serve ad es. AATTC o GAATT (per EcoRI).
Ad es leggi questa discussione: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=10600
io l'ho utilizzato anche per cercare sequenze di siti di restrizione o pezzi di sequenze di siti di restrizione.
Se tra i parametri della ricerca metti "cerca con 1 mismatch", ti cerca la tua sequenza "esatta" o anche quella con modificata una sola base, quindi nel caso della sequenza per EcoRI GAATTC, troveresti:
GAATTC
CAATTC
AAATTC
TAATTC
CCATTC
CGATTC
CTATTC
CACTTC
CAGTTC
CATTTC... ecc...

Heschen
Nuovo Arrivato

Prov.: Venezia

2 Messaggi

Inserito il - 05 dicembre 2008 : 11:45:19

Spettacolare questo programma! Sono commosso T_T
Davvero grazie da parte mia e di tutto il laboratorio.

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 05 dicembre 2008 : 14:05:42

Prego!

e dimenticavo... Benvenuto su molecularlab!!!