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chick80
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DNA
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Inserito il - 04 dicembre 2008 : 10:17:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sto cercando di usare Pubmed eUtils, ma ho la vaga impressione che mi stia prendendo in giro...

C'è qualcuno che ha esperienza nell'usarlo? Non vi sto a spiegare ora tutta la faccenda perchè è un po' lunga e sono un po' di fretta, ma se qualcuno ha esperienza di come usarlo (soprattutto tramite PHP) sarò felicissimo di entrare nei dettagli.

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dallolio_gm
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Inserito il - 04 dicembre 2008 : 10:17:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
non potresti spiegare meglio cosa vuoi fare?
E' un bel po' che non le uso, ma mi ricordo che c'era da studiare un poco.

Un buon modo di imparare le EUtils, secondo me, e' quello di usare taverna:
- http://taverna.sf.net
Lanciando il programma avrai gia' a disposizione i processori relativi ad ogni servizio di EUtils; con taverna, ti sara' piu' facile capire come funziona ognuno e come vanno integrati assieme.

Puoi anche guardare su http://www.myexperiment.org e cercare se vi e' qualche workflow gia' pubblicato, a cui ispirarti.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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chick80
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Inserito il - 04 dicembre 2008 : 18:34:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Certo, ora spiego il tutto. Stamattina ero di fretta e volevo solo sapere se qualcuno le aveva mai usate

Allora, io ho una pagina PHP che chiama eSearch e eFetch per recuperare dei titoli/abstract di articoli.

Ho 2 casi:
il caso più semplice, che funziona, è quando ho il PMID.
In questo caso io chiamo eFetch usando qualcosa tipo:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?rettype=abstract&retmode=xml&retstart=0&db=pubmed&id=xxxxxxxx

La pagina PHP poi prende l'XML restituito da efetch, se lo spapocchia un po' e mi dà i risultati che voglio.

Benissimo, ora voglio fare la stessa cosa con una query e questo non mi funziona...

Innanzitutto chiamo eSearch:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=xxxxxxx&datetype=edat&usehistory=y&retmax=100

dove xxxxx sono i termini da ricercare

Dopodichè prendo dall'XML che mi restituisce i due valori QueryKey e WebEnv e li dò in pasto a eFetch

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?rettype=abstract&retmode=xml&retstart=0&db=pubmed&WebEnv= xxxxxx&query_key=yyyyyyy

Questo mi dovrebbe in teoria restituire gli abstract, invece mi dà sempre un errore tipo "Unable to obtain query #1".

Nota che se faccio la stessa cosa a mano magicamente funziona...

Non so, c'è qualcosa di ovvio che mi sono perso?


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dallolio_gm
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Inserito il - 04 dicembre 2008 : 23:03:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sai che é esattamente l'errore che avevo io quando ci provavo, con taverna?

Ecco il mio messaggio originale:
- http://markmail.org/message/2ee5rnwhah7lto5s?q=entrez+eutils+list:net%2Esourceforge%2Elists%2Etaverna-users+from:%22Giovanni+Marco+Dall%27Olio%22

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dallolio_gm
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Inserito il - 04 dicembre 2008 : 23:04:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Penso di non avere più quel workflow, ma posso ritrovarlo.
Domani però sarò di viaggio e non credo di poterlo fare prima di lunedi sera/martedi.


p.s. mamma mia come scrivevo male in inglese!! :)

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dallolio_gm
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Inserito il - 04 dicembre 2008 : 23:52:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ehi, come non detto: ho ritrovato il vecchi workflow, era esattamente dove lo avevo lasciato un anno fa!! :)

- http://www.myexperiment.org/workflows/592
- http://github.com/dalloliogm/taverna_workflows/tree/master/eUtils

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chick80
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Inserito il - 05 dicembre 2008 : 07:17:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh, almeno mal comune mezzo gaudio....

Continuo a lavorarci e se trovo una soluzione ti faccio sapere

ciao e grazie

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chick80
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Inserito il - 05 dicembre 2008 : 22:08:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho risolto... non so come e perchè ma ho risolto.

In pratica ho scritto lo script come su questa pagina: http://hublog.hubmed.org/archives/001763.html e funziona.

Non che il mio codice fosse molto diverso, usavo fopen invece di file_get_contents ma dovrebbe essere lo stesso... boh, misteri dell'informatica, comunque funziona!

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dallolio_gm
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Inserito il - 06 dicembre 2008 : 10:28:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Ho risolto... non so come e perchè ma ho risolto.

In pratica ho scritto lo script come su questa pagina: http://hublog.hubmed.org/archives/001763.html e funziona.

Non che il mio codice fosse molto diverso, usavo fopen invece di file_get_contents ma dovrebbe essere lo stesso... boh, misteri dell'informatica, comunque funziona!

Ah bene, tra l'altro l'autore di quel sito e' un grande!

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Inserito il - 09 dicembre 2008 : 16:20:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In teoria, c'e' da dire che l'ultima moda e' quella di utilizzare le eUtils tramite un protocollo chiamato SOAP, che dovrebbe essere lo standard di comunicazione tra tutti i servizi bioinformatici.

Non so quanto le eUtils classiche siano supportate. E' probabile che in futuro vicino vengano deprecate e abbandonate in favore di questo protocollo.

- SOAP in NCBI
- SOAP module for php
- SOAP - wikipedia

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chick80
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Inserito il - 09 dicembre 2008 : 18:02:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie della dritta. Magari in seguito potrei passare il tutto in SOAP. Per ora funziona tutto alla perfezione quindi non lo tocco...

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