| Autore |
Discussione |
|
|
cristiano
Nuovo Arrivato
Prov.: Novara
Città: novara
37 Messaggi |
 Inserito il - 06 febbraio 2006 : 09:46:18
|
salve a tutti, mi chiamo Cristiano e frequento il primo anno di Dottorato in biotecnologie farmaceutiche e alimentari. La questione che vorrei sottoporre è questa: è possibile affermare in modo categorico e scientifico che, per una dato gene espresso, a una maggior quantità di rna messaggero ritrovato corrisponde in modo proporzionale una maggior quantità di proteina (in termini di peso) e viceversa? ovvero l'affermazione "più un gene è espresso più è tradotto" è vera alla lettera? Probabilmente è una domanda banale con una risposta ovvia, ma quello che mi servirebbe è una base scientifica di tale affermazione. GRAZIE!
|
CRI |
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2006 : 10:18:13
|
Io direi che non e' vero al 100%. Certo, e' sicuramente piu probabile che un gene molto espresso sia piu tradotto di uno poco espresso, pero possono esistere processi di degradazione o compartimentalizzazione del mRNA che possono portare alla minore/mancata traduzione dello stesso.
Questo e' uno dei motivi per cui ad es. i risultati di un microarray non sono mai conclusivi sulla presenza di proteine. |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
 |
|
|
Uruclef
Nuovo Arrivato
7 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2006 : 18:03:18
|
| Per una maggiore traduzione é necessaria - ma non sufficiente - una maggiore trascrizione. Detto ciò, non é detto che il livello di trascritto sia direttamente proporzionale al livello di tradotto. Questo perché la regolazione quantitativa di una certa proteina (non includo i geni non tradotti in questo esempio) avviene a svariati livelli: trascrizione, trasporto nucleo-citoplasma, traduzione, regolazione post-traduzionale (nucleasi, ubiquitina..).. |
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2006 : 22:22:18
|
E' decisamente una brutta interpretazione!!
Premetto che io ho scritto la mia tesina studiando presso un database di splicing alternativo.
Se stai lavorando con dei batteri, che sono organismi piuttosto semplici, quello che proponi potrebbe essere vero.
Pero' se hai a che fare con degli eucarioti, e' meglio non farsi venire strane idee... ricordati che almeno il 50-60% dei geni umani puo' generare almeno due isoforme di splicing alternativo, e che ci sono meccanismi (come il Non-Sense Mediated Decay) che producono trascritti senza significato o con funzione regolatoria.
Inoltre anche l'efficienza nella traduzione e l'emivita di un mRNA sono fattori variabili che possono determinare la produzione di proteina.
Quindi, solo con i batteri!! ;) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
cristiano
Nuovo Arrivato
Prov.: Novara
Città: novara
37 Messaggi |
Inserito il - 07 febbraio 2006 : 09:40:57
|
| Grazie!...quindi ne deduco che, non lavorando su batteri, solo nel caso in cui io riscontri differenze di espressione VERAMENTE importanti nel confronto fra due popolazioni posso dire che una delle due esprime più proteina dell'altra? |
CRI |
|
|
|
Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 07 febbraio 2006 : 10:20:26
|
| Dallolio_gm da te si lavora sui NMD ? |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 07 febbraio 2006 : 12:31:19
|
Citazione:
Messaggio inserito da cristiano
Grazie!...quindi ne deduco che, non lavorando su batteri, solo nel caso in cui io riscontri differenze di espressione VERAMENTE importanti nel confronto fra due popolazioni posso dire che una delle due esprime più proteina dell'altra?
Direi di si, anche se comunque va fatto un Western Blotting/ELISA o simili per confermare la presenza della proteina. (insomma, il DNA da solo non basta!) |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 07 febbraio 2006 : 21:49:21
|
Citazione:
Messaggio inserito da cristiano
Grazie!...quindi ne deduco che, non lavorando su batteri, solo nel caso in cui io riscontri differenze di espressione VE
RAMENTE importanti nel confronto fra due popolazioni posso dire che una delle due esprime più proteina dell'altra?
Dipende un po' dal sistema che usi per quantificare l'espressione dell'mRNA che stai studiando.
Se sei ragionevolmente sicuro che tutto l'RNA che stai quantificando appartenga alla stessa isoforma, e che non ci siano var
ianti di splicing, allora potresti affermare quello che dici.
Conta che però alcune varianti di splicing sono difficili da identificare: c'è un fenomeno che si chiama qualcosa come 'sito
donatore di splicing alternativo NAGNAG' (tradotto dall'inglese) in cui vengono prodotte varianti di mRNA che differiscono
per poche basi ma che hanno significato completamente differente, che con una semplice elettroforesi potresti non riuscire a
distinguere.
Se non sei sicuro che l'RNA che stai quantificando appartenga alla stessa isoforma, invece, potresti commettere degli errori
perchè anche se la trascrizione sullo stesso gene può sembrare più abbondante, non vuol dire che la proteina prodotta sia l
a stessa. Pensa alla risposta immunitaria; oppure, questo è uno dei db dove sono stato, raccoglie gli effetti dei singoli ev
enti di splicing sulla proteina: http://www.ebi.ac.uk/asd-srv/aedbfunc.cgi - se lo scorri un po' vedi come le prot. di splic
ing alternativo possono avere funzioni molto diverse, come una locazione differente o attività catalitiche alterate.
Secondo me la cosa migliore è cercare in letteratura (http://www.ebi.ac.uk/asd/index.html) o fare un po' di analisi con qual
che tool per la predizione di splicing alternativo (lavori in corso) per sapere cosa ti puoi aspettare dalla tua proteina, c
mq credo che la frase generale 'a una maggior quantità di rna messaggero ritrovato corrisponde in modo proporzionale una
maggior quantità di proteina (in termini di peso) e viceversa' sia sbagliata.
ciao!!
|
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 09 febbraio 2006 : 09:33:21
|
Citazione:
Messaggio inserito da cristiano
Grazie!...quindi ne deduco che, non lavorando su batteri, solo nel caso in cui io riscontri differenze di espressione VERAMENTE importanti nel confronto fra due popolazioni posso dire che una delle due esprime più proteina dell'altra?
Mettendo da parte i fenomeni di splicing, di cui si è parlato abbondantemente, potrebbero esistere meccanismi di RNA interference endogeno che possano inficiare quanto sopra quotato? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
|
|
| |
Discussione |
|
Trascrizione = Traduzione ? [Era: sembra banale..]
Didattica
