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maddalena bertante
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
 Inserito il - 18 dicembre 2008 : 14:05:18
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Mi piacerebbe sapere se un gene che esprime 2 proteine una con splicing normale e una con splicing alternativo viene regolato da un qualche sistema e se le 2 proteine sono ugualmente importanti per la funzionalità del tessuto od organo dove si esprimono.
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 14:55:41
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Innanzitutto una piccola precisazione terminologica. Non esiste uno "splicing normale" ed uno "splicing alternativo".
Si parla di "splicing alternativo" quando hai un gene che può codificare per due o più proteine diverse tramite modalità di splicing diverse.
Detto questo dovresti darci un po' più di dati: di che sistema stiamo parlando? Che proteine? |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 15:04:56
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Bhé, non è roba da poco quello che stai cercando di dimostrare.
1) lo splicing alternativo è regolato da diversi sistemi, trovare questo meccanismo potrebbe risultare molto difficile, potresti cercare in articoli già pubblicati come loro hanno fatto e seguire le stesse strade percorse. La probabilità di scoprire questo meccanismo regolatorio potrebbe essere molto bassa.
2) In genere gli splicings alternativi danno una minima differenza di funzionalità, di distribuzione o di regolazione. Il primo punto è determinare se ci sono queste differenze e se le puoi dimostrare;
3) Potresti valutare il diverso livello di espressione delle due forme di splicing, se sono simili potresti tentare, se possibile, di fare degli oligo antisenso o RNA interfering capaci di inibire l'espressione di un solo splicing alternativo e vedere cosa capita al tessuto (in genere niente).
4) Potresti valutare la diversa distribuzione di questi splicings all'interno del tessuto o organo a cui fai riferimento per poter capire se hanno ruoli distinti
5) Altra possibilità è clonare ed esprimere le singole isoforme di splicing in linee cellulari per studiare bene la funzione della proteina e come/cosa altera il comportamento delle cellule stesse. Ovviamente tutto dipende da questa tua proteina che ruolo ha, se è una proteina strutturale, enzimatica, recettoriale etc etc.
Ripeto la tua curiosità è semplice, ma difficile da rispondere in maniera generale e soprattutto difficile da valutare con i mezzi attuali.
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 17:56:18
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Citazione:
Mi piacerebbe sapere se un gene che esprime 2 proteine una con splicing normale e una con splicing alternativo viene regolato da un qualche sistema e se le 2 proteine sono ugualmente importanti per la funzionalità del tessuto od organo dove si esprimono.
In seguito al sequenziamento del genoma umano e ai primi studi su di esso, si e' scoperto che lo splicing alternativo e' un fenomeno molto diffuso: almeno il 70% dei geni ha almeno due isoforme di splicing nell'essere umano, e si puo' arrivare a migliaia di isoforme.
Uno degli esempi piu' classici e' la determinazione del sesso in drosophila, in genere definita in base a 3 casi di splicing alternativo (mi dispiace ma ho studiato queste cose tanto tempo fa, e ora sono in un altro campo, e non mi ricordo il titolo dell'articolo che ti vorrei segnalare).
In lievito (cerevisiae), e' stata studiata una reazione a situazioni di stress ambientale che provoca lo splicing alternativo nella maggior parte dei geni non vitali, che cosi' vengono silenziati temporaneamente.
Nelle cellule neuronali esiste una gran varieta' di casi di splicing alternativo, che danno vita a recettori e segnali diversi, etc.
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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maddalena bertante
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 18:02:59
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| penso ad una malattia autosomica recessiva per cui rara,la proteina è AIPL1' è un chaperone per la b-fosfodiesterasi,per cui funzionale.Si esprime nella retina e la mancanza della giusta proteina provoca cecità alla nascita e a lungo andare perdita dei bastoncelli della retina.Una ditta produce le due proteine che derivano da questo gene,per usi di laboratorio come anticorpo,non so altro e non ho trovato altro.Stanno cercando di testare una terapia genetica e mi continuo a chiedere quale delle 2 proteine espresse sia importante per il folding della b-fosfodiesterasi. |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 18:34:11
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probabilmente entrambe le proteine sono importanti, sarebbe illogico pensare alla generazione di uno splicing alternativo inutile...
P.S.: credo che di questo gene si conoscono almeno 7 splicings alternativi a quanto leggo
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maddalena bertante
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 18:48:46
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| Grazie delle risposte mi confermano che una eventuale terapia genica con virus adeno associati debba introdurre tutto il gene e non solo gli esoni |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 19:14:17
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Citazione:
Messaggio inserito da Neuroscience
probabilmente entrambe le proteine sono importanti, sarebbe illogico pensare alla generazione di uno splicing alternativo inutile...
ci sono ci sono...
..parlo di splicing non di proteine |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 19:46:04
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Citazione:
Messaggio inserito da Patrizio
Citazione:
Messaggio inserito da Neuroscience
probabilmente entrambe le proteine sono importanti, sarebbe illogico pensare alla generazione di uno splicing alternativo inutile...
ci sono ci sono...
..parlo di splicing non di proteine
uhmm...
probabilmente diciamo la stessa cosa...
se uno dei due splicing alternativi non serve a nulla significa che entrambe le proteine sono importanti per la patologia descritta... come dicevo io
se invece dici uno dei due splicing alternativi non serve proprio a niente... bhé ne dubito fortemente e credo che anche tu concorderai.
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 20:25:45
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Citazione:
uhmm...
probabilmente diciamo la stessa cosa...
se uno dei due splicing alternativi non serve a nulla significa che entrambe le proteine sono importanti per la patologia descritta... come dicevo io
questo si e' un caso ..ok
Citazione:
se invece dici uno dei due splicing alternativi non serve proprio a niente... bhé ne dubito fortemente e credo che anche tu concorderai.
no discordo  ... ,scrivo chiaramente che lo splicing produce trascritti...che la cellula non sa che farsene ,in condizioni normali e non patologiche
PS:ma dove hai visto 7 splicing alternativi  ...io non e' che sia un mostro con le banche dati ,ma ne vedo solo 3 per quel gene
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Splice?g=ENSG00000129221 |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 20:56:50
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Citazione:
Messaggio inserito da Patrizio
Citazione:
se invece dici uno dei due splicing alternativi non serve proprio a niente... bhé ne dubito fortemente e credo che anche tu concorderai.
no discordo ... ,scrivo chiaramente che lo splicing produce trascritti...che la cellula non sa che farsene ,in condizioni normali e non patologiche
uhmmm...
non capisco il senso della frase
Citazione:
Messaggio inserito da Patrizio
PS:ma dove hai visto 7 splicing alternativi ...io non e' che sia un mostro con le banche dati ,ma ne vedo solo 3 per quel gene
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Splice?g=ENSG00000129221
questo sito
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=AIPL1&asd=7#seq
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 21:33:18
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Citazione:
...
non capisco il senso della frase
dove non sono stato chiaro?...che ci sono trascritti che vengono spliciati e che non vengono codificati?
Citazione:
questo sito
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=AIPL1&asd=7#seq
per quanto riguarda il gene della APL1 forse ti riferisci a questo:
7 Alternative Splicing Database (ASD) splice patterns (SP) for AIPL1 (see first 5)
ma io ( non che sia bravissimo in inglese ),pero' credo che sia un qualcosa che hanno fatto loro di artificioso...e mi fiderei piu' di gene-bank e si ensamble,che dicono che i trascritti alternativi sono 3
This subsection contains alternative splicing information according to ASD followed by alternative splicing isoforms from ECgene. Exons with alternative splice sites in different isoforms were broken into Exonic Units (ExUns). The letters indicate the order of the ExUns in the exon. The symbol ' ^ ' between ExUns indicates an intron, while ' ·' indicates the junction of two ExUns
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 22:58:08
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il thread forse è uscito un po' fuori dal topic, continuo solo perché lo trovo molto interessante.
Siti Web per gli splicings alternativi
Non vorrei porre il problema degli splicings alternativi, dei siti web, su chi ha ragione e chi meno...
i database si possono riferire solo a due cose, quelle conosciute e quelle predette. Dato che il 99% di questi database sono gestiti automaticamente e secondo formule empiriche è ovvio che ci possono essere discordanze che in qualche caso è in favore di un sito, in altre è a favore di un altro sito web.
Ad esempio Ensembl, un sito che rispetto e che utilizzo ogni tanto dice che il mio gene ha "solo", si fa per dire, 11 splicing alternativi, quando ne sono stati dimostrati e clonati almeno 16, più altri due non pubblicati su giornali importanti.
Il sito che ho citato io (Genecards), invece, ne presenta 15, un po' più vicino a quello che è stato effettivamente riscontrato. Però come già ho accennato dipende da gene a gene... quello che vale sono le dimostrazioni scientifiche che questi splicings esistano, e si possono trovare solo dove queste cose sono fatte con accuratezza, ovvero nelle riviste scientifiche serie.
splicings alternativi "inutili"
Per quanto riguarda il tema dei trascritti "spliciati" e non codificati ho molte perplessità, ti riporto (modificato) quanto ho già scritto per il blog sulle neuroscienze che pubblicherò tra un po' di numeri
La storia ci ha insegnato che esiste un dogma... Secondo questo dogma i milioni di anni di evoluzione degli esseri viventi hanno selezionato solo meccanismi perfetti o perfezionati allo scopo per cui sono stati creati e che non esistono "meccanismi inutili".
Seguendo questa linea di pensiero si dovrebbe pensare che nulla è superfluo o casuale ed ogni qual volta che troviamo un meccanismo che entra in funzione in determinate circostanze significa che c'è un buon motivo per esistere e soprattutto ha uno scopo ben preciso nel magnifico universo della biologia cellulare.
In effetti il motivo dell’esistenza di questo dogma è che funziona nel 99,9% dei casi, infatti, ogni qual volta che le cose sono lette con il senno di poi, la natura ha avuto sempre un'ottima ragione per spiegare l'esistenza di un certo meccanismo per quanto strano che sia.
Se andiamo a vedere la storia, si credevano inutili diverse cose poi rivelate assolutamente importanti...
es
il nucleo cellulare: una volta si credeva che avesse funzioni morfologiche, riserva energetica, tampone di pH, un accumulo di un materiale apparentemente inerte etc...
RAFT lipidici: errori sperimentali
glicosilazione: ruolo esclusivamente strutturale e non importante...
ATP: funzione di portatrice di energia e che poi invece si è rilevata anche un neurotrasmettitore extracellulare ed intracellulare...
i microRNA: non codificanti, magari errori nella trascrizione della polimerasi...
vogliamo citare anche la proteina APP, il prione e cose simili? Ben presto anche questi "inutili geni" avranno un loro contesto fisiologico, magari importante.
Detto questo rileggo la tua frase
Citazione:
no discordo ... ,scrivo chiaramente che lo splicing produce trascritti...che la cellula non sa che farsene ,in condizioni normali e non patologiche
Sei proprio sicuro che l'evoluzione abbia prodotto uno splicing alternativo di cui "la cellula non sa che farsene" ?
come ho già scritto, personalmente ne dubito fortemente.
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 18 dicembre 2008 : 23:08:01
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| Ma, ci sono mRNA che vengono prodotti e distrutti senza essere tradotti, quindi potrebbe avere un senso. Magari la cellula ne ha bisogno solo in alcune situazioni, o magari è un modo per modulare la produzione dell'altra variante |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2008 : 00:23:29
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siti web
Certo parlare di chi ha ragione o meno e' sbagliato di fondo,pero' appunto mi fido piu' delle altre 2 perche'sia nella mia piccola esperienza di lab e da quanto ho studiato ne ho sentito parlare molto rispetto al sito che hai postato, comunque se vogliamo andare sul sicuro ci affidiamo sempre alle ref seq..
Splicing alternativi inutili
Citazione:
La storia ci ha insegnato che esiste un dogma... Secondo questo dogma i milioni di anni di evoluzione degli esseri viventi hanno selezionato solo meccanismi perfetti o perfezionati allo scopo per cui sono stati creati e che non esistono "meccanismi inutili".
infatti,me ne vedrei bene dal dire che lo spliciesoma e' un complesso inutile,il quale e' basato sulla lettura delle di sequenze di nucleotidi che noi chiamiamo consensus e che durante lo splicing vengono montati con maggior efficienza in un certo modo,ma questo non toglie che possa essere montate in un modo sbagliato,shiftando la frame e magari creando dei PTC,questi non li vedrai mai in condizioni normali ... ma e' stato dimostrato con gli array che silenziando fattori (per citarne alcuni) UPF1 o UPF2,il quale sono fattori coinvolti nei meccanismi di sorveglianza,i trascritti sballati ci sono ,ed e' un capitolo questo vastissimo....
Citazione:
La storia ci ha insegnato che esiste un dogma... Secondo questo dogma i milioni di anni di evoluzione degli esseri viventi hanno selezionato solo meccanismi perfetti o perfezionati allo scopo per cui sono stati creati e che non esistono "meccanismi inutili".
certo meccanismi no,ma proteine si, che codificate dallo stesso gene derivano da uno splicing alternativo e che hanno la stessissima funzione... e la presenza di entrambe non ha senzo,infatti magari in altre specie ne esiste solo una,con questo voglio dire che l evoluzione per certi versi non si e' fermata (ma sinceramente,parlare di evoluzione mi urta un po' per ragioni di fede) |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1912 Messaggi |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2008 : 00:42:11
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Rimango discorde, anche se rispetto il tuo pensiero.
Però la discussione è stata abbastanza stimolante per attente riflessioni, ti ringrazio.
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maddalena bertante
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2008 : 10:07:25
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vi ringrazio moltissimo,per me la discussione è molto stimolante,penso che se ci sono degli splicing alternativi ci debbano essere degli stimoli o dei sistemi di feedback che li provocano,credo ci siano ancora poche conoscenze per trarre delle conclusioni valide.
ritengo che non tutto ciò che avviene debba per forza essere di utilità all'evoluzione,ma che alcune cose avvengono semplicemente perchè ci sono dei meccanismi che le fanno avvenire o perchè raggiungono in certe condizioni la stabilità e rimangono. |
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maddalena bertante
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2008 : 10:13:18
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aprofitto delle vostre conoscenze e di conseguenza delle vostre opinioni, per porre un altro quesito.
In una malattia rara che ha colpito 2 fratelli,per cui lo stesso genotipo, si riscontra fenotipo molto diverso, potrebbe essere spiegato con splicing alternativi diversi nei 2 fratelli? |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2008 : 10:15:32
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Citazione:
Rimango discorde, anche se rispetto il tuo pensiero
Ma da buon ricercatore tu m insegnerai che non basta dire rimando discorte ...il difficile sta nel dimostrarle le cose
...scherzo ,in effetti ci sono molte scuole di pensiero about this |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1912 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2008 : 10:49:48
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Citazione:
Messaggio inserito da maddalena bertante
aprofitto delle vostre conoscenze e di conseguenza delle vostre opinioni, per porre un altro quesito.
In una malattia rara che ha colpito 2 fratelli,per cui lo stesso genotipo, si riscontra fenotipo molto diverso, potrebbe essere spiegato con splicing alternativi diversi nei 2 fratelli?
il termine genotipo e' vero che puo' essere associato ad un particolare fenotipo
pero' considera che i fratelli hanno il 50% del genoma in comune ad eccezzione dei gemelli omozigoti che lo presentano al 100% per cui nel fratello sano non escludo che ci possano essere altri fattori che influenzano lo splicing assenti nel malato |
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maddalena bertante
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2008 : 11:46:18
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| chiedo scusa, probabilmente non ho posto bene la domanda:due fratelli con la stessa malattia genetica recessiva,per cui lo stesso gene con le stesse mutazioni difettose presentano fenotipo diverso.Uno peggiora velocemente ,e presenta un quadro severo, l'altro rimane stabile nel tempo,oltre al fatto che il resto del genoma può essere diverso ,parlo di una malattia degenerativa della retina per cui un gene che si esprime solo nella retina ,la variabilità del fenotipo può essere dovuta a splicing alternativi diversi nei 2 fratelli ,perchè innescati da enzimi o catalizzatori o quant'altro diversi? |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2008 : 14:12:05
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Citazione:
,la variabilità del fenotipo può essere dovuta a splicing alternativi diversi nei 2 fratelli ,perchè innescati da enzimi o catalizzatori o quant'altro diversi
Un campione di solo due individui non e' sufficente per fare nessuna supposizione valida statisticamente.
Quello che dici e' un po' scorretto secondo me; i due gemelli in linea di principio hanno lo stesso genoma, e quindi la stessa espressione di isoforme di splicing; detto in quel modo sembra che esprimano una diversa isoforma dello stesso gene solo perche' due individui differenti.
Sarebbe piu' corretto dire che uno dei due gemelli ha accumulato una mutazione che porta ad un evento di splicing alternativo in un particolare tessuto e che porta alla malattia.
Pero' potrebbero esserci altre cause - non lo puoi dire a meno di non avere molti controlli. |
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maddalena bertante
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2008 : 15:27:25
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| io non ho mai parlato di gemelli, ma fratelli con le stesse mutazioni di un gene che procura una malattia recessiva alla retina, per esempio la retinite pigmentosa,la malattia non è multifattoriale,ma un solo gene concorre alla patologia,a parità di età un fratello diventa ceco,l'altro ha una patologia meno severa e stabile,è logico pensare che condizioni di vissuto differenti, e tolto il gene patologico, genoma diverso porti delle sfumature diverse,ma si notano a volte condizioni di retina molto diverse cioè a fronte di uno stesso genotipo per quella patologia un fenotipo molto diverso. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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maddalena bertante
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 19 dicembre 2008 : 17:30:56
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| grazie chick 80 molto interessante,imparo sempre più cose e divento sempre più curiosa |
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splcing alternativo
