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cece23
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Inserito il - 09 febbraio 2006 : 14:53:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cece23 Invia a cece23 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao sono emanuele, sono un dottorando in biotecnologie agrarie; sto analizzando delle sequenze in cui penso ci possa essere della selezione positiva.Ho letto molte pubblicazioni e tutte trattano l'argomento utilizzando un pacchetto software che si chiana PAML.
Ora, io qlc ho capito ma voglio in particolar modo usare il programma codonml e non so quali parametri utilizzare e l'albero da inserire nel file codeml.ctl.
Se qualcuno nè sa più di me vi chiedo cortesemente di rispondedre a questo post,oppure scrivermi a: emanuele.cettul@uniud.it (indirizzo università di udine).
ciao

valia
Moderatore


Prov.: UK


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Inserito il - 09 febbraio 2006 : 16:32:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di valia  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di valia Invia a valia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Avevo inserito un post simile tempo fa.. ora ne so qualcosina in piu'!
Io ho usato proprio codeml! I parametri che ho usato sono:

noise 3
verbose 0
runmode 0
seqtype 1
codonfreq 2
ndata 10
nsites 0 1 2 3 7 8

Gli altri non li ho modificati (non so darti una spiegazione specifica per ogni parametro.. mi son semplicemente fidata ciecamente di chi ne sa piu' di me! !!)

Ho realizzato l'albero con il programma phyml, inserendo l'allineamento nucleotidico delle sequenze! Per questo programma ho usato i paramentri:

categories 5
proportion of invariant sites estimate
transition/transversion ratio estimate

L'allineamento nucleotidico l'ho fatto con codonalign, tenendo quindi conto dell'allineamento proteico, in modo che non vengano inseriti gap in posizioni assurde!!!

Io ho ancora un po' di problemi con PAML, non riesco ad interpretare completamente i risultati!
Vedremo!
Ah, un avvertimento!
Se hai tante sequenze il programma potrebbe metterci UN PO'.. da 1 ora a 2 giorni..

Se hai altri problemi chiedi pure!
Spero di esserti stata un pochino utile!
Ciao ciao
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cece23
Nuovo Arrivato



14 Messaggi

Inserito il - 10 febbraio 2006 : 09:22:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cece23 Invia a cece23 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie,
il mio problema però è un pò più complicato nel senso che quando fa girare il modello M7 si blocca perchè mi dice che Gamma non può avere x<0.
Per questo volevo sapere se devo inserire parametri specifici per omega,kappa e alpha.
E' un casino sto programma perchè mi sono letto tutti i documenti dell'istruzioni e anche molte pubblicazioni ma rimane molto complesso il funzionamento.
Se sai qlc in più io sono qua pronto a prendere ogni suggerimento
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valia
Moderatore


Prov.: UK


1001 Messaggi

Inserito il - 10 febbraio 2006 : 13:30:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di valia  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di valia Invia a valia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Guarda, anche io mi son letta la guida e tutto il resto! Ma cmq resta un casino..
Posso approffittarne e farti una domanda?
A me risulta selezione positiva usando il modello M8 (che ha un LRT significativo rispetto a M7).. pero' LTR non e' significativo tra M1 e M2!
Posso accettare comunque M8??
Ultima domanda.. quando c'e' selezione positiva il programma manda i siti in questo modo:

127 V *
341 L *

Ma la posizione si riferisce all'aminoacido in quale sequenza??? Non riesco a capirlo! Perche' per esempio mi e' capitato che l'aa 127 non fosse V in NESSUNA sequenza..
Uffi!!
Buon lavoro..
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cece23
Nuovo Arrivato



14 Messaggi

Inserito il - 10 febbraio 2006 : 14:18:29  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cece23 Invia a cece23 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
puoi prenderlo per buono perchè i modelli m7 e m8 prendono in considerazione più classi di siti con diverse probabilità rispetto a m1 che ne ha solo due e m2 che ne ha 3.Per il resto stano, perchè il numero coincide con i lsito amminoacidico di tutte le sequenze che tu hai allineato.
ciao
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valia
Moderatore


Prov.: UK


1001 Messaggi

Inserito il - 16 febbraio 2006 : 19:36:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di valia  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di valia Invia a valia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao, spero nel frattempo tu abbia risolto i tuoi probemi (io no, non ho piu' avuto il tempo di cercare di capirne qualcosa..), comunque mi e' venuto in mente che puoi guardare nel forum dedicato a PAML!

http://www.rannala.org/phpBB2/viewforum.php?f=1&topicdays=0&start=100

In bocca al lupo!

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