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King D
Nuovo Arrivato

molecular
Prov.: Napoli
Città: Acerra


98 Messaggi

Inserito il - 24 gennaio 2009 : 18:54:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di King D Invia a King D un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Qualcuno, gentilmente, può spiegarmi come avviene la chiusura dei gap dopo il sequenziamento? Grazie mille!

Dionysos
Moderatore

D

Città: Heidelberg


1913 Messaggi

Inserito il - 25 gennaio 2009 : 00:38:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
parli del sequenziamento di sanger? quali gaps, scusa?

Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)

Less Jim Morrison, more Sean Morrison!


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King D
Nuovo Arrivato

molecular

Prov.: Napoli
Città: Acerra


98 Messaggi

Inserito il - 25 gennaio 2009 : 02:53:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di King D Invia a King D un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi riferisco ai contig, ottenuti dopo il sequenziamento e l'allineamento, e a come si fanno a coprire i gap tra due contig.

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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 25 gennaio 2009 : 08:38:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
I contigues contengono regioni sovrapposte, quindi <almeno teoricamente> non hai gaps

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Patrizio
Moderatore

mago

Città: Barcellona


1912 Messaggi

Inserito il - 25 gennaio 2009 : 09:42:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Puoi dirci precisamente di che sequenziamento parli?
dire contig non credo sia corretto entrambi i modelli portano all overlap di sequenze per formare dei contigui (a meno che non specifichi contig di cloni BAC ..etc)
quindi :
Venter, of the private company Celera Genomics
Collins del Consorzio pubblico



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Dionysos
Moderatore

D

Città: Heidelberg


1913 Messaggi

Inserito il - 25 gennaio 2009 : 16:41:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se ti riferisci al sequenziamento genomico con i metodi, oramai storici, dei contig
l'informazione che ottieni non ha 'gaps' proprio per l'overlapping (sovrapposizione)
dei vari cloni contigui. Le molecole fisiche sono chiaramente separate, e non c'è
bisogno di saldarle, anzi la separazione avviene proprio per facilitare il sequenz.
singolo di ciascuna molecola (magari tramite frammentazione shotgun)

Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)

Less Jim Morrison, more Sean Morrison!


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Patrizio
Moderatore

mago

Città: Barcellona


1912 Messaggi

Inserito il - 25 gennaio 2009 : 17:42:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Aggiungo qualcosa che puo' essere utile
E' importante comprendere che le due sequenze genomiche pubblicate nel 2001 sono abbozzi,non sequenze finali complete.
Ad esempio,la versione ottenuta tramite l'approccio dei contig di cloni copre appena il 90% del genoma;i restanti risiedono prevalentemente nell eterocromatina costitutiva dove si ritiene con contengano pochi o nessun gene.Del 90% del genoma che e' stato scoperto ciascuna regione e' stata sequenziata almeno 4 volte,fornendo un livello di accuratezza accettabile,ma soltanto il 25% e' stato sequenziato 8-10 volte necessario affinche' il lavoro possa essere considerato'finito'
in oltre la mancanza di accuratezza puo' causare problemi maggiori quando si tenta di posizionare quei geni o di comprenderne la funzione


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King D
Nuovo Arrivato

molecular

Prov.: Napoli
Città: Acerra


98 Messaggi

Inserito il - 26 gennaio 2009 : 19:54:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di King D Invia a King D un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Capito. Devo chiarirmi un attimo le idee, allora. Grazie a tutti per la disponibilità!

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