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Autore

Discussione

RNA world
Utente Junior

370 Messaggi

Inserito il - 25 gennaio 2009 : 10:56:21

ciao a tutti,

secondo voi esiste un programma in grado di scrivere un pattern una volta fornito un piccolo allineamento ?

grazie

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 25 gennaio 2009 : 12:08:08

Cio�? Mi fai un esempio pratico?

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RNA world
Utente Junior

370 Messaggi

Inserito il - 26 gennaio 2009 : 09:50:34

ad esempio allineo diverse sequenza aminoacidiche e di una porzione dell'allineamento voglio scrivere un pattern, ad es. A-[AG]-K-L ... C'� un programma che lo fa da solo?

grazie

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 26 gennaio 2009 : 19:10:16

Una volta ho fatto una cosa del genere utilizzando una libreria per python chiamata TAMO:
- http://fraenkel.mit.edu/TAMO/

Al momento non mi viene in mente niente di utile.. potresti provare questo tool grafico:
- http://weblogo.berkeley.edu/

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)