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Discussione

biotecman
Nuovo Arrivato

40 Messaggi

Inserito il - 28 gennaio 2009 : 10:53:43

non riesco ad interpretare correttamente l'entries di ncbi: NM_033011, del "Tissue-type plasminogen activator Precursor". Mi dice che il trascritto � lungo 3035 pb e mi da per polyAsyte 2520: contrariamente per� a tutte le altre entries che ho esaminato, dopo quel numero non ci sono tutte A. Io ho pensato che ci� fosse dovuto al fattore di cleavage che taglia in corrispondenza del nt 2520 dell'mRNA e aggiunge l� la coda di polyA. E' un'interpretazione corretta?

esaminando il trascritto su ensembl e ucsc la lunghezza data � sempre di 3035 e mi � venuto il dubbio che in realt� l'indicazione di ncbi sul polyA_syte potesse essere sbagliata. Per determinare la sequenza del trascritto da 2520 a 3035, nel caso in cui avvenga il taglio come ho pensato io, si sarebbero dovuti utilizzare come stampo trascritti non ancora polyadenilati, il che mi sembra strano!

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 29 gennaio 2009 : 21:28:13

Pu� succedere che ci siano errori nelle entries. Le sequenze vengono caricate tramite un processo semi-automatizzato, e qualcosa pu� sempre sfuggire.
Ti conviene fare presente il problema ai gestori di genbank, e controllare che il numero di versione della sequenza sia il pi� alto fra quelli disponibili.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)