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 Quale sarebbe la dimensione canonica di una 3'UTR?
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kORdA
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newkORdA
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Inserito il - 02 febbraio 2009 : 10:56:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
...sono ancora alle prese con sequenze 3'-UTR. Su UTResource ()http://www.ba.itb.cnr.it/UTR ho trovato che le 3'-UTR murine spaziano da 16 a 7390 bp.

Ho pero' il sospetto che una UTR da 16bp non possa contenere tutti gli elementi regolatori standard (segnali di localizzazione, di fine trascrizione, di attacco della polyA e, soprattutto, segnali di riconoscimento di miRNA).

Qualcuno ha una informazione precisa (meglio ancora una citazione) di quanto possa essere la lunghezza "minima" di una 3'-UTR "completa"?

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

Neuroscience
Utente



659 Messaggi

Inserito il - 02 febbraio 2009 : 11:47:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Neuroscience Invia a Neuroscience un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
le UTR hanno caratteristiche mistiche tipiche anche dei promotori, ovvero non abbiamo le conoscenze minime per poter escludere nulla.
Se ti serve sapere il minimo indispensabile per la trascrizione e traduzione, allora 16 č anche troppo (non serve un segnale di fine trascrizione e nemmeno il segnale della poliadenilazione).
Se ti serve sapere la minima regione regolatoria per la trascrizione e traduzione allora 16 č il numero giusto.

Se invece hai il gene X e vuoi sapere se ci sono regioni al 3' che regolano il processo di trascrizione/traduzione allora ti devi affidare solo a programmi statistici e pubblicazioni giā fatte per quel gene, non ci sono regole universali purtroppo.
La maggioranza dei ricercatori, quando deve esprimere un gene, lascia poche centinaia di basi al 3' del cDNA. Altri, per migliorare l'efficienza di espressione, sostituiscono quella regione con delle sequenze forti e piccole dei virus tipo Sv40 e simili.

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kORdA
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newkORdA

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Inserito il - 02 febbraio 2009 : 12:58:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie...

a me interessava una dimensione minima per ospitare un sito target di un miRNA (anche se la sequenza seed e' di 6-8bp dubito fortemente che una 3'-UTR di questo tipo misuri 16 bp soltanto)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
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Inserito il - 02 febbraio 2009 : 13:01:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
di fatto delle 56,077 3'UTR presenti su UCSC se tolgo le sequenze ridondanti e quelle inferiori a 500bp arrivo ad ottenerne meno di 20,000 (pero' 500bp e' una misura a naso che gli ho dato io per vedere cosa succedeva...)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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