for blast_record in blast_records:
    for alignment in blast_record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            mismatches = len(hsp.match) - hsp.identities
            if type(hsp.gaps)==int:
                    print "percent identity with gaps= ",  float(hsp.align_length - mismatches - hsp.gaps) / hsp.align_length
                else:
                    print "percent identity without gaps= ", float(hsp.align_length - mismatches) / hsp.align_length

Citazione:

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Messaggio inserito da Seffy

Ho risolto il problema!
Non so se potrà essere utile a qualcuno comunque lo scrivo lo stesso :)

La percentuale di identità che restituisce il blast è data dalla seguente formula:
( alignment_length - mismatches - gaps ) / alignment_length.
Utilizzando Biopython il numero dei mismatches è dato da:
mismatches = len(hsp.match) - hsp.identities
mentre il numero dei gap è dato da : hsp.gaps. C'è da fare una precisazione, hsp.gaps è una tupla. Quando sono presenti gap il suo tipo è però intero.
Posto il pezzo di codice che esegue il calcolo:

for blast_record in blast_records:
    for alignment in blast_record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            mismatches = len(hsp.match) - hsp.identities
            if isinstance(hsp.gaps, int):
                print "percent identity with gaps= ", \
                          float(hsp.align_length - mismatches - hsp.gaps) / hsp.align_length
            else:
                print "percent identity without gaps= ", \ 
                          float(hsp.align_length - mismatches) / hsp.align_length

Grazie per il supporto!!!

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