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fabdipi
Nuovo Arrivato
35 Messaggi |
 Inserito il - 22 febbraio 2006 : 13:57:55
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ciao a tutti sono un biotecnologo cerco qualche software ( non necessariamente professionale ) in grado di disegnare biomolecole ( es. elica dna, strutture tridimensionali proteine enzimi ecc. ).Grazie
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2006 : 23:18:27
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Ciao! Credo che ce ne siano parecchi.
Quando ero su Windows utilizzavo ISIS-Draw/ChemSketch:
http://www.acdlabs.com/download/
Su Linux ci sono molti più programmi, prova questi:
xdrawchem
garlic
gchempaint
gnome-chemistry
gromacs
....
Se vuoi costruire una struttura più complessa (DNA, proteine, ...) la cosa più semplice è scaricare una struttura simile da www.pdb.org e modificarla con un software come rastop, swiss-pdb viewer (http://www.expasy.ch/spdbv/), pymol, o altro.
Forse tu vorresti partire da un punto ancora più complicato: esempio, hai la sequenza di un proteina e vuoi sapere quale struttura possiede. Non è una cosa facile da fare: forse nemmeno possibile, però puoi partire studiandoti questo tutorial: http://speedy.embl-heidelberg.de/gtsp/flowchart2.html o in alternativa, usare Swiss-Model: va su http://swissmodel.expasy.org/, clicchi su 'First Approach Mode' e inserisci lì la tua seq.
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2006 : 09:56:07
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Ciao,
Un programma piuttosto semplice ma davvero funzionale è ChemOffice e gira su windows...ma nn credo sia free. |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 23 febbraio 2006 : 19:53:57
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Per la rappresentazione di macromolecole mi sto appassionando con PyMol (http://pymol.sourceforge.net/). E' un programma carino, soprattutto per il rendering delle immagini, rapido e d'effetto.
Nella versione per Windows (ma penso ormai anche in quelle per MacOSX e Unix) c'e' un builder, che ti permette di costruire peptidi concatenando amminoacidi uno in seguito all'altro. Tale modulo del programma è in grado di concatenare i residui di una sequenza, disponendoli gia' secondo la geometria di strutture secondarie come eliche e foglietti; infine, se aggiusti manualmente angoli e distanze di legame pymol dispone di una funzione (piuttosto rudimentale, ma efficace nel dare l'idea) di minimizzazione energetica in tempo reale.
Veramente non male per essere un programma free; se sei al primo approccio, e hai bisogno di qualcosa ready-to-use ti sconsiglierei Gromacs...
Immagine:
41,74 KB |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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elena0308
Utente Junior
Prov.: Pistoia
Città: pescia
207 Messaggi |
Inserito il - 08 marzo 2006 : 17:38:43
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Citazione:
Messaggio inserito da Fil23
Ciao,
Un programma piuttosto semplice ma davvero funzionale è ChemOffice e gira su windows...ma nn credo sia free.
non è free e non è neanche adatto per macromolecole, a meno che non ci siano stati update dalla versione che usavo in uni |
Rock hard ride free all your life |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 16 marzo 2006 : 10:46:53
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Ciao,
io le eliche di DNA le disegno....per proteine effettivamente non è funzionale ChemOffice
HyperChem forse è adatto allo scopo?ma nn ho idea io nn lo uso...lo usa una mia collega! |
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