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mamol
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Inserito il - 23 febbraio 2009 : 13:51:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di mamol Invia a mamol un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

Ciao a tutti, avrei bisogno di aiuto per un saggio di discriminazione allelica. Il mio problema è questo:
una volta trovati tutti gli snp del mio gene (ad esempio da HapMap.org) come faccio a capire quali sono quelli "tag" , ovvero quelli che sono più informativi della mia sequenza?
Ho provato con l'algoritmo di tagger utilizzato proprio nel sito HapMap e anche con il software Haploview (che dovrebbe usare lo stesso algoritmo di HapMap) ma ottengo risultati diversi:come faccio a capire qual è il metodo migliore?
Ringrazio in anticipo chiunque mi rispondesse...

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 23 febbraio 2009 : 16:31:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao mamol,
benvenuto/a su MolecularLab!
Ho spostato la tua discussione nella sezione di Bioinformatica, magari qualche bioinfo può darti più informazioni al riguardo!

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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 23 febbraio 2009 : 18:45:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
mmm bisognerebbe sapere come hai usato esattamente Haploview (su quali dati), e anche a quale versione di HapMap ti riferisci.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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mamol
Nuovo Arrivato



7 Messaggi

Inserito il - 23 febbraio 2009 : 19:43:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di mamol Invia a mamol un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
per prima cosa ti ringrazio...
Dunque, i dati li ho scaricati da HapMap.org ("scarica genotyping data" del mio gene)in un file che ho poi inserito in Haploview (la vesione è l'ultima,ovvero 4.0).
é proprio questo quello che non capisco:ho cercato i tagger snp sia su hapmap.org, sia con Haploview dal momento che le informazioni sulla sequenza sono le stesse (sono prese direttamente da HapMap.org in entrambi i casi) e si dovrebbero basare entrambi sull'algoritmo di Tagger, perchè ottengo risultati diversi?come dovrei interpetrarli?
Ti ringrazio infinitamente, perchè è la prima volta che mi trovo ad affrontare questi programmi e diciamo più in generale la "bioinformatica" e al di là dei manuali scaricabili on-line non ho molte risorse...
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 25 febbraio 2009 : 00:57:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non saprei veramente... c'è qualcosa che ci sfugge, ma al momento non saprei dire cosa.
Nel dubbio io userei i tagSNP indicati da Hapmap, perché sono più facilmente riproducibili.
Credo che convenga usare HapMap 2, ha una copertura di SNPs più ampia di 1 e 3.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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mamol
Nuovo Arrivato



7 Messaggi

Inserito il - 25 febbraio 2009 : 09:51:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di mamol Invia a mamol un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
.......ti ringrazio lo stesso...
Comunque per la versione di HapMap, tu intendi i "project data"? perchè penso di aver già usato la versione 2, cioè sia le informazioni, che i tagSNP li ho presi cliccando qui:HapMap Genome Browser ( Phase 1 & 2 - full dataset ) (http://www.hapmap.org/cgi-perl/gbrowse/gbrowse?source=hapmap_B36)...
Con HapMap 2 intendi questo?
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 25 febbraio 2009 : 10:42:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Il progetto HapMap viene portato avanti in fasi successive, ognuna delle quali dura piu' o meno 3 anni.

- Nella phase I sono stati genotipati ~10^6 SNPs, in 4 popolazioni (una di origine africana, una europea, e due da cina e giappone).

- Nella phase II sono stati genotipate le stesse popolazioni, ma ad una densita' maggiore (mi sembra 3.8*10^6 SNPs).

- Nella phase III invece, sono stati genotipati ~1.6*10^6 SNPs, ma in un numero piu' alto di popolazioni (11, per l'esattezza).

A sua volta ogni fase viene suddivisa in draft release piu' piccole, ovvero i dati vengono rilasciati gradualmente. Per esempio, credo che l'ultima release pubblicata sia la III draft 2.

Quando scegli i tuoi tag SNPs, e' molto importante annotare la versione di HapMap dalla quale li hai scaricati, altrimenti sara' difficile ripetere il tuo esperimento.

Hai diverse opzioni per scegliere i tuoi tag SNPs: puoi usare i dati della fase II, che sono ad una risoluzione migliore (uno SNP ogni 2000 basi, in media); oppure, puoi usare la fase III, in cui sono presenti un numero minore di SNPs, ma in un numero maggiore di popolazioni.
Inoltre, ti consiglierei anche di pensare a quali popolazioni includere nell'analisi: i tag SNPs possono essere validi in una popolazione, ma non in un'altra, anche se spesso si tralascia questo problema perche' e' difficile risolverlo.
Potresti pensare ad escludere i dati delle popolazioni africane da quelli che usi per calcolare i tuoi tag SNPs, perche' si e' visto che in queste popolazioni la variabilita' e' molto piu' alta.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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mamol
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Inserito il - 25 febbraio 2009 : 14:58:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di mamol Invia a mamol un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Come ti avevo scritto credo di aver usato la phase I e II ( Phase 1 & 2 - full dataset )...
Per quanto riguarda le popolazioni ho scaricato i tag SNP solo per la popolazione CEU, ovvero quella più simile alla mia popolazione, quindi penso di aver già escluso le altre come mi consigliavi.
In ogni caso se ti viene in mente qualunque altro consiglio, sarò molto felice di leggerlo...
Ancora grazie,
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