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 Calcolare le frequenze relative usando psi blast		  Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
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sallusti10
Nuovo Arrivato

0213_da_RoMeO


27 Messaggi
Inserito il - 24 febbraio 2009 : 11:09:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di sallusti10 Invia a sallusti10 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve,
qualcuno di voi mi potrebbe spiegare come riuscire a calcolare le frequenze relative degli aminoacidi di una proteina usando psi-blast?
Penso che anziche' visualizzare l'allineamento dovrei visualizzare la matrice pssm, ma non riesco affatto a interpretarla per il modo in cui e' scritta.
Grazie per una eventuale risposta

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 24 febbraio 2009 : 14:08:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cosa intendi per 'frequenza relativa'?
La frequenza di ogni aminoacido, posizione per posizione? O la frequenza aminoacidica in tutto il set di proteine individuate da psi-blast?

Non mi risulta che blast calcoli direttamente queste frequenze, anche se l'interfaccia web di ncbi-blast e' cambiata da poco tempo e potrebbe esserci qualche nuova funzione che non conosco.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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sallusti10
Nuovo Arrivato

0213_da_RoMeO



27 Messaggi
Inserito il - 24 febbraio 2009 : 14:14:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di sallusti10 Invia a sallusti10 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
dicimamo che ho fatto un po' di confusione. Attraverso psi blast riesco a calcolare,data una mia sequenza il profilo, cioe' la cosiddetta pssm. Ogni elemento della mia matrice non e' la frequenza relativa ma uno score, Ora vi chiedo: da esso riesco a risalire alla frequenza relativa dell'aa nella mia sequenza?
Scusa te se ho fatto un po' di confusione...
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sallusti10
Nuovo Arrivato

0213_da_RoMeO



27 Messaggi
Inserito il - 04 marzo 2009 : 17:05:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di sallusti10 Invia a sallusti10 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao! Volevo dirvi che ho trovato la soluzione al mio problema. Usando blast in locale e generando la matrice pssm si trovano le frequenze. Esattamente, la matrice da considerare e' la seconda presente nel file.
Ciao
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