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Trefenwyd
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
 Inserito il - 14 marzo 2006 : 13:28:26
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Ciao a tutti, è da un po' che leggo questo forum e lo ritengo veramente valido, un ambiente raccolto ma stimolante...Mi sono iscritto un paio di anni fa ma alla fine non ho mai avuto occasione di postare...
fino ad ora, ho iniziato la tesi della laurea specialistica (biologia molecolare e cellulare a bologna) in un laboratorio di biologia molecolare, e sto iniziando a pagare lo scotto di aver fatto una tesina triennale in un argomento non-biologico (la feci in bioinformatica).
Quindi eccomi a fare la prima di una lunga (spero non troppo) serie di domande a chi ne sa più di me (cioè la stragrande maggioranza degli iscritti a questo forum):
quando disegnate un primer, prima di ordinare le sequenze, come controllare la sequenza stessa? Per vedere se ci sono eventuali problemi come appaiamenti dello stesso, formazione di dimeri ecc ecc. ?
Grazie a chiunque avrà il tempo e la pazienza di rispondermi!
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fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 14 marzo 2006 : 19:32:29
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io usavo l'anno scorso un programma chiamato dnastar che individuava dove la sequenza di primer era presente nella sequenza di dna intera.ma non riusciresti anche con word.incolli sequenza di dna da amplificare e poi su modifica-trova scrivi la tua sequenza e in teoria ti appare dove si trovano eventuali altre sequenze identiche nella sequenza intera.
Ho detto una cavolata? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 14 marzo 2006 : 20:15:24
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Sicuramente fai un blast per la sequenza in modo da vedere che non si appai ad altro nel genoma (ovviamente seleziona la specie che ti interessa se possibile). Un altro programma carino e' Amplify con cui puoi simulare una PCR, ma c'e' solo per Mac.
Che altro... ordina i primers e vedi se vanno, quello e' il test finale! :D |
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AC
Nuovo Arrivato
45 Messaggi |
Inserito il - 14 marzo 2006 : 22:46:13
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Ciao io uso spesso e volentieri il sito www.idtdna.com/analyzer/Applications/OligoAnalyzer/
inserisci la sequenza del primer e poi puoi vedere se ci sono self-dimeri oppure, inserendo anche la sequenza del reverse, puoi vedere se si formano eterodimeri.
Ciao |
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Trefenwyd
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
Inserito il - 15 marzo 2006 : 14:29:47
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grazie mille a tutti!! 
Per quanto riguarda amplify, purtroppo non ho un mac, ma sto testando l'utilizzo di un emulatore mac su cui farlo girare, vi farò sapere se funziona...
Sul sito idtdna, ho guardato, ma sinceramente mi sono un po' perso tra le numerose opzioni che il tool ti chiede (tipo concentrazione Na+, dove la trovo?) e inoltre non ho capito bene come valutare la formazione dei "self dimers", mi da una serie piuttosto numerosa di possibili appaiamenti con valori di delta G negativi e decrescenti...Potresti illuminare la mia ignoranza AC? 
Il programma dnastar l'ho cercato, ma è a pagamento  , io cercavo un tool freeware / open source.
PS ovviamente ho capito che il test migliore rimane quello di provare ad amplificare con i primer |
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biomolecola
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Napoli
40 Messaggi |
Inserito il - 15 marzo 2006 : 16:11:18
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| Hai provato con primer3?...io mi trovo benissimo. |
W la ricerca |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 marzo 2006 : 13:20:02
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Citazione:
Messaggio inserito da fpotpot
io usavo l'anno scorso un programma chiamato dnastar che individuava dove la sequenza di primer era presente nella sequenza di dna intera.ma non riusciresti anche con word.incolli sequenza di dna da amplificare e poi su modifica-trova scrivi la tua sequenza e in teoria ti appare dove si trovano eventuali altre sequenze identiche nella sequenza intera.
Ho detto una cavolata?
in parte si, perche' a parte che word non ti permette neanche di eseguire ricerche con delle espressioni regolari (se la seq che hai in mano non e' precisa come fai? Se ci sono delle 'N', come le consideri?), rischi di dimenticarti di eliminare gli spazi ed i ritorno a capo.
(poi e' un obbrobrio... queste cose si fanno su files in solo testo!!)
Cmq di tools per la ricerca di primers ce ne sono a volonta', oltre a quelli suggeriti ti consiglierei di tenere d'occhio bioinformatics.org, e volendo di provare qualche libreria su bioperl/biopython (sarebbe la cosa giusta).
ps.@Trefenwyd: bello l'avatar linuxiano, qualche tempo fa lo usavo come sfondo! |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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