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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
 Inserito il - 11 aprile 2009 : 16:25:27
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Ciao a tutti,
devo costruire un albero filogenetico e ho fatto un allineamento tra diverse sequenze di organismi diversi della stessa proteina.
Ho preso sequenze di batteri, funghi, una pianta e mammiferi.
Ho già fatto un albero unrooted, dove la disposizione dei nodi semplicemente segue l'evoluzione degli organismi, indicandomi che probabilmente non ci sono stati eventi di trasferimento orizzontale. Forse però un albero con radice viene considerato più informativo, quindi potrei scegliere un outgroup.
Secondo voi, quale organismo può essere l'outgroup (la pianta?) ?
Grazue
grazie
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 aprile 2009 : 22:23:48
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Io prenderei come outgrup la sequenza di un batterio, che dovrebbe essere più distante dagli altri.
Dipende da quello che devi fare... comunque considera che é strano vedere un albero filogenetico con mammiferi e batteri insieme, a meno che non si tratti di una proteina veramente molto conservata in tutti gli organismi viventi (un istone?) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 13 aprile 2009 : 11:39:02
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grazie dallolio,
è un enzima PLP-dipendente, ed è davvero conservato in tutti gli organismi. Nel mio albero ci sono diversi batteri, quindi non so bene quale prendere... in effetti i batteri sono quelli più distanti, ma allora non capisco perchè un mio amico mi aveva consigliato di prendere una pianta come outgroup. L'outgroup per definizione è quell'organismo in cui quel gene ha iniziato a divergere prima ancora che gli altri orgamismi iniziassero a farlo, quindi non so bene che fare.
ciao |
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