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Kebenshin
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
 Inserito il - 16 aprile 2009 : 09:47:55
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Salve a tutti,
nei prossimi giorni ho un esame e non sono in grado di risolvere 2 esercizi che potrebbero essermi d'aiuto :
1- in una ricerca BlastP abbiamo utilizzato come quesry la sequenza "artificiale" QWERTY ed un E value di 10^09.
Sapreste spiegare come mai questo allineamento ha un E Value così alto, pur essendo query e subject identici??
score 19.2 bits (38), Expect = 1737
Identities =6/6 (100%), Positives 100%
QuERY 1 QWERTY 6
SBJ 67 QWERTY 72
ho riscontrato che l'identità è stata trovata al 100%, però la sequenza SBJ è compresa tra la posizione 67 e 72 dell'intera sequenza, e poi, cosa indica il valore "ExpecT" così alto???
2 Se effettuo una ricerca BLASTP contro lo stesso database e con la stessa query, una volta con e-value=10 e un'altra volta con e-value = 0.001, quale sarà la ricerca in cui vedrò + falsi positivi??? Perchè??
come avrete certamente intuito non sono un mago di Blast, ed in realtà mi son preso troppo in ritardo per studiare per questo pre appello, ma avrei caro di passarlo, dovendomi dedicare ad altro (Fisiologia vegetale,PAotgenicità dei microrganismi,Biochimica clinica e diagnostica molecolare..)
GRAZIE A TUTTI PER L'AIUTO!
Roberto
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
 Inserito il - 16 aprile 2009 : 11:07:19
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La spiegazione è piuttosto semplice: devi pensare alla definizione di E (expect).
L'E è il numero di segmenti attesi che per effetto del caso possono raggiungere uno score S in una banca dati delle stesse dimensioni di quella usata per la ricerca. A questo punto tu stai usando una sequenza molto corta, quindi è molto facile che tu trovi quella sequenza in una proteina per effetto del caso. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 aprile 2009 : 23:48:43
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| Mi sembra un'ottima risposta quella di RNA world, io sono d'accordo!! :) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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