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Fil23
Utente Junior

Prov.: estero
Citt�: London

238 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2006 : 16:18:40

Ciao a tutti,
� tutto il giorno che cerco ma con scarso successo: avrei bisogno di un programmino (possibilmente free) o un tools di qualche sito internet che mi calcolasse la superfice esposta delle proteine (e il grado di esposizione degli atomi della proteina)...c'� chi la chiama ESA, chi ASA...spero abbiate capito! Io avrei bisogno di trovare un programma che usa il teorema di Gauss-Bonnet sviluppato da Richmond. E' scritto un p� ovunque che � il miglior metodo...ma non ho trovato nessun programma che lo implementa!
E poi, secondo voi PROCECK, che si trova fra i tools in Exopasy, � buono per la valutazione delle zone a-elica e b-sheet di una proteina con struttura nota?
Grazie a tutti
Ciao ciao

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2006 : 16:38:50

occhio che queste cose non si imparano in una giornata di ricerche su google!! E' roba da fisici!! Bisogna studiare un po' di biofisica perlomeno!!!

Credo si possa fare con tinker: http://dasher.wustl.edu/tinker/
ciao!! ;)

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

Fil23
Utente Junior

Prov.: estero
Citt�: London

238 Messaggi

Inserito il - 16 marzo 2006 : 16:44:35

Ciao,
la teoria nn mi manca...mi manca chi mela mette in pratica

Tinker se nn ho capito male opera come GROMACS (chi io ho gi� istallato)...GROMACS calcola la superficie, ma nn c'� scritto da nessuna parte nel manuale che razza di algoritmo usi!!!