allineamento sequenze clustalw

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giovarusso76
Nuovo Arrivato

23 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2006 : 20:12:43

ciao ragazzi!
il programma di allineamento clustalw allinea anche gli mRNA?
http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/clustalw/
nella parte superiore c'e' scritto DNA e protein...

a livello di albero filogenetico che differenza c'e' tra allineare gli mRNA di organismi diversi o allineare le proteine prodotte sempre da questi mRNA?

skabor
Nuovo Arrivato

13 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2006 : 21:54:23

conviene effettuare l'allineamento sugli amminoacidi piuttosto che sull'mRNA perch� nel caso in cui tu voglia inserire delle delezioni, queste devono essere fatte a multipli di tre, utilizzando il linguaggio ad una lettera amminoacidico invece il problema non si pone.
Successivamente poi, per la costruzione dell'albero filogenetico puoi riconvertire in sequenza nucleotidica.

Ra1D
Utente Junior

Prov.: Bergamo
Citt�: Treviglio

174 Messaggi

Inserito il - 18 marzo 2006 : 01:02:24

Si, allinea anche gli mRNA (ovviamente con altri mRNA

)

Citazione:
What type of sequences can ClustalW align?

It can align either nucleotide or protein sequences. In the case of nucleotide sequences, it will align them as they are input � the program does not provide the option of specifying DNA strands. The EMBOSS tool revseq can be used to reverse and/or complement nucleotide sequences.

In linea di massima � pi� conveniente allineare sequenze amminoacidiche, perch� la selezione agisce sulla funzionalit� del prodotto. Il codice genetico � anche ridondante (differenti triplette per il medesimo aa), per cui DNA (o mRNA) con bassa similarit� potrebbero produrre proteine molto simili.
Per� nel caso di analisi filogenetiche, buona similarit� tra sequenze � un punto di partenza per valutarne l'omologia e quindi la distanza evolutiva. Come sopra per� sequenze molto simili potrebbero portare a prodotti ben pi� differenti.
L'ideale sarebbe fare entrambi gli alberi e poi valutarne le differenze

Ciao

...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza...

giovarusso76
Nuovo Arrivato

23 Messaggi

Inserito il - 18 marzo 2006 : 10:18:31

ciao ragazzi!
qualcuno mi aiuta a commentare quest'albero filogenetico?

http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/clustalw/result?tool=clustalw&jobid=clustalw-20060318-09133002&poll=yes

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 19 marzo 2006 : 12:47:25

Citazione:
Messaggio inserito da giovarusso76

ciao ragazzi!
qualcuno mi aiuta a commentare quest'albero filogenetico?

http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/clustalw/result?tool=clustalw&jobid=clustalw-20060318-09133002&poll=yes

Cos� ad occhio, l'allineamento multiplo non mi sembra riveli questa grossa omologia tra le sequenze, a parte alcune regioni (che vuol dire tutto come nulla, potrebbero essere dei motivi strutturali tipici della classe di proteine che stai allineando).

Una cosa non ho capito; scusate l'ignoranza, ma perch� la sequenza gi|54035262|gb|AAH84089.1| non presenta neanche un gap durante l'allineamento?

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada