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apemimi
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 02 maggio 2009 : 12:30:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di apemimi Invia a apemimi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve sono nuova del forum.
fino ad ora ho sempre letto e ho imparato molto. Grazie
Ora avrei bisogno di voi.
non capisco la domanda della prof. e chiaramente non so la risposta.
ci ha chiesto cosa succede se in un'amplificazione (PCR) nella quale si indaga la presenza di tutti gli esoni di un gene, manca l'amplificato del primo esone (lo chiamo primo perchè su GenBank questo esone va dal nucleotide 1 al 174).
Io credo che possa mancare la porzione N-terminale o C-terminale della proteina originaria. Non so nella traduzione l'ordine di ingresso (entra per primo l'esone 1 o l'esone 12?).
Un mio collega dice che non è vero perchè nella traduzione della proteina devo tener conto della regione CDS che è intercalata nell'RNA messaggero. ma che cosa rappresenta effettivamente tale regione. quelle a monte e a valle che funzione hanno?
E' questa regione che produce la proteina matura?
Se le mie domande sono banali mi sapreste dare un consiglio su un testo dove chiarirmi?
Lo ammetto sono molto confusa
grazie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 02 maggio 2009 : 13:54:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
CDS vuol semplicemente dire coding sequence. Non è una sequenza extra, semplicemente la "somma" delle sequenza di tutti gli introni

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Neuroscience
Utente



659 Messaggi

Inserito il - 02 maggio 2009 : 17:37:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Neuroscience Invia a Neuroscience un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cara Apemimi,

Non sono per nulla sicuro di aver capito la tua domanda e soprattutto il tuo dubbio.
Provo a dare una mia interpretazione sulla domanda del prof e sulla tua richiesta.

Probabilmente il Prof vorrebbe sapere una cosa banale per gli addetti ai lavori ma non tanto chiara agli studenti alle prime armi.

La domanda potrebbe essere...
Se amplifico per PCR il prodotto di un gene (RNA) in alcune sue zone per verificare che tutti gli esoni del gene siano rappresentati sull'RNA maturo... ed in questo contesto non riesco a trovare la parte codificata dal primo esone cosa potrebbe significare e cosa comporterebbe?

Premessa per chiarirci
Esone - vuol dire un tratto di DNA che è codificato in RNA (significa espresso)
CDS - vuol dire la parte dell'RNA (o DNA) che è tradotta in proteina
quindi un esone non deve necessariamente codificare una parte della proteina.

La risposta potrebbe essere...
Il primo esone potrebbe partecipare ad uno splicing alternativo, in cui è possibile che i primi nucleotidi dell'mRNA del gene possano cambiare in alcune condizioni, es da tessuto a tessuto oppure sotto stimolazione di ormoni.
Questo non significa necessariamente che la proteina matura sia diversa, è possibile che il primo esone non faccia parte del CDS, quindi si troverebbe nella cosiddetta zona 5'UTR (regione non tradotta che si trova a monte) che generalmente decide la stabilità dell'mRNA o cose del genere.

Succede in un gene che sto studiando dove il primo esone è anche parte del suo promotore, e lo splicing alternativo genera un inizio di trascrizione in zone diverse. Per cui nel cuore la proteina avrà un determinato inizio di trascrizione ed un determinato primo esone, nel cervello ce ne sarà un altro... ma in totale la sequenza della proteina matura è la stessa poiché nessuno di questi fa parte del CDS.


Se invece il primo esone contiene il primo ATG tradotto e quindi fa parte del CDS, la cosa è più grave, può generare diverse condizioni facili da immaginare...
1) l'mRNA manca dell'ATG per iniziare la codifica della proteina, quindi l'mRNA sarà degradato senza generare una proteina
2) l'mRNA presenta uno splicing alternativo per cui l'ATG si troverà su un altro esone e la proteina generata avrà l'estremità N-Terminale diversa o codificata da qualcos'altro
3) Si tratta di un errore di trascrizione, l'mRNA maturo avrà un altro ATG da qualche parte che potrebbe iniziare la sintesi di una proteina con una sequenza del tutto diversa e magari non funzionale che sarà degradata poco dopo la sintesi.

Poi ci sono eventualità più strane e cattivelle che possono essere pensate dai profs strani... non mi sento nemmeno di citarle.

Spero di aver interpretato bene la tua domanda


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apemimi
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2009 : 14:21:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di apemimi Invia a apemimi un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie
sei stao gentilissimo e molto chiaro.
hai interpretato tutto nel modo giusto.
posso continuare a consultarmi su questo argomento?
grazie di nuovo
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