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Odile768
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2009 : 11:43:23

Salve ragazzi avrei bisogni di un chiarimento sugli allineamenti multipli.La mia domanda � la seguente: io s� che il punto di partenza x un allineamento progressivo � l'allineamento tra tutte le possibili coppie di sequenze e che date N sequenze si dovrenno effettuare N(N-1)/2 allineamenti a coppie.Quindi c'ho che faccio � calcolarmi i punteggi di similarit�. Ora il mio dubbio � sulle matrici di distanza,ovvero non ho ben capito se queste matrici siano equivalenti ai punteggi di similarit� x costruire poi gli alberi,quindi o mi calcolo i punteggi di similarit� o mi calcolo la matrice di distanza sempre arriver� a questi cluster e a questi alberi,oppure servono entrambi e quindi devo calcolare entrambi x arrivare alla costruzione dell'albero!grazie mille

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2009 : 13:54:45

Citazione:
Salve ragazzi avrei bisogni di un chiarimento sugli allineamenti multipli.La mia domanda � la seguente: io s� che il punto di partenza x un allineamento progressivo � l'allineamento tra tutte le possibili coppie di sequenze e che date N sequenze si dovrenno effettuare N(N-1)/2 allineamenti a coppie

Questo � vero, e visto che si tratta di un calcolo molto costoso computazionalmente, i tool di allineamento multiplo attuali utilizzano dei trucchi per diminuire il numero di calcoli richiesti.

Citazione:
Quindi c'ho che faccio � calcolarmi i punteggi di similarit�. Ora il mio dubbio � sulle matrici di distanza,ovvero non ho ben capito se queste matrici siano equivalenti ai punteggi di similarit� x costruire poi gli alberi

Qui non sono sicuro su cosa risponderti..
Non ho capito se stai parlando delle matrici di sostituzione, o di quelle interne ad un programma di allineamento multiplo particolare.
Stai parlando di clustalw?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

Odile768
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2009 : 14:28:35

Hey grazie mille x la risp!sisi parlo di clustal w.....

Odile768
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2009 : 18:47:35

Cio� volevo intendere se x costruire l'albero devo usare sia la matrice di distanza che i punteggi di similarit�...scusate se nn mi sn spiegata bene ma nn essendo chiaro a me qst argomenti non sono riuscita neanche a postare bene la domanda

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