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AC
Nuovo Arrivato



45 Messaggi

Inserito il - 21 marzo 2006 : 18:21:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AC Invia a AC un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti

qualcuno è già al corrente del mio problema....

devo trovare la seq. di un plasmide, conosco solo qualche migliaia di basi.
Come procedereste? (senza usare clonaggio?)
grazie mille in anticipo!!!





biotech
Utente Junior

Prov.: Padova
Città: Padova


170 Messaggi

Inserito il - 26 marzo 2006 : 20:56:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di biotech  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di biotech Invia a biotech un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io proverei con degli allineamenti.. In base all'identità provare a ricostruire la sequenza. Almeno sai di che organismo eh? PErchè magari in qualche banca dati c'è.

http://boincstats.com/signature/user_1342603.gif
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2006 : 17:40:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
devo trovare la seq. di un plasmide, conosco solo qualche migliaia di basi.
Come procedereste? (senza usare clonaggio?)
grazie mille in anticipo!!!

Non e' molto chiaro quello che hai chiesto, AC: si tratta di un plasmide commerciale? Dove l'hai preso? E a cosa ti serve conoscerne la sequenza? E poi non ho capito se lo vuoi fare in maniera sperimentale o bioinformatica.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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AC
Nuovo Arrivato



45 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2006 : 21:43:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AC Invia a AC un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
si tratta di un plasmide non commerciale che si trova in alcuni batteri.
Devo trovare la sequenza per vedere che utilità ha (che geni possiede, ecc.)per il batterio.
In database non c'è molto, (sono sempre lì che controllo)
Il mio intento è quello di continuare a proseguirte sperimentalmente, magari partendo dalla sequenza che ho già

Grazie per il vostro interessamento!!
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Ra1D
Utente Junior

giro-Ra1D

Prov.: Bergamo
Città: Treviglio


174 Messaggi

Inserito il - 27 marzo 2006 : 23:41:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ra1D Invia a Ra1D un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Il problema non mi è chiarissimo...vediamo se ho capito:
-hai un plasmide batterico di cui conosci parte della sequenza, ma non tutta.
-della parte che conosci sono presenti poche notizie in banca dati
-vuoi conoscere l'intera sequenza, ma vuoi evitare il clonaggio

Scusa la domanda, ma quanto è grosso sto plasmide?? A me non sembra poco conoscere "solo" qualche migliaia di basi.
Io partirei da un'analisi di queste che già conosci, magari cercando se ci sono ORF, e quindi valutando in banca dati se queste corrispondono a geni già noti.
In alternativa sperimentalmente si potrebbe, visto che conosci già parte della sequenza, inserire dei siti di taglio + qualche marcatore di selezione da integrargli. Poi tagliare ed amplificare i segmenti con pcr....però dipende da come conosci la sequenza ed in che posizione è, oltre che alla misura del plasmide.
Ma forse questo rientra nel "clonaggio" che volevi evitare.
In alternativa se il plasmide è estraibile, potresti provare con complementazione con altri batteri mutanti per alcuni geni (magari se trovi delle similarità in banca dati), e vedere se col plasmide riacquistano la funzione.
Non so se ti son stato utile...
Ciao ciao

...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza...
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fpotpot
Utente

Città: middleofnowhere


1056 Messaggi

Inserito il - 28 marzo 2006 : 10:20:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di fpotpot Invia a fpotpot un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
per via teorica tramite database non riesci a trovare seq.,scusa ma per via sperimentale io conosco solo il clonaggio per sequenziare una sequenza...
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AC
Nuovo Arrivato



45 Messaggi

Inserito il - 28 marzo 2006 : 11:50:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AC Invia a AC un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti grazie per le risposte.

RA1D hai capito tutto benissimo.
Aggiungo che il plasmide è bello grosso. Ho già analizzato la sequenza che ho. Ho trovato ORF e geni di interesse. Vorrei continuare la sequenza per vedere se c'è qualcos'altro di interessante.
Volevo evitare il clonaggio perchè non ho molta esperienza. Ad es. come inserisco dei siti di taglio?(ho solo una vaga idea non l'ho mai fatto)

secondo te una pcr inversa può essere utile?
Ma anche qui avrei bisogno di delucidazioni su come farla nal modo migliore e soprattutto corretto. Avete consigli su pcr inversa?

Hai altri consigli?
Grazie ancora per l'interessamento
CIAO
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AC
Nuovo Arrivato



45 Messaggi

Inserito il - 31 marzo 2006 : 21:51:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AC Invia a AC un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
P.S. per PCR inversa non intendo una retro trascrizione.
vorrei fare un primer sulla seq. nota e fargli amplificare un tratto di seq. non conosciuta.
E' assurdo?
Mi sembra di aver letto qualcosa a questo proposito sul forum tempo fa ma non ricordo ho più trovato dove.
... o mi sbaglio?
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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


1550 Messaggi

Inserito il - 01 aprile 2006 : 02:49:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
si avevo postato qualcosa sulla pcr inversa,
breve descrizione + schema...
but now I'm a little bit drunk!zorry

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AC
Nuovo Arrivato



45 Messaggi

Inserito il - 12 aprile 2006 : 21:47:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AC Invia a AC un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
vaaaaaaaaa bene

se ti ricapita qualcosa tra le mani è sempre ben accetto!!
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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


1550 Messaggi

Inserito il - 12 aprile 2006 : 22:35:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
trovi qualkosa sull'inverse pcr qui: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1047&SearchTerms=,pcr

e qui: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=460&SearchTerms=,inverse

sicuramente qualche protocollo lo puoi trovare sul solito: http://www.protocol-online.org/

aggiornaci!

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AC
Nuovo Arrivato



45 Messaggi

Inserito il - 13 aprile 2006 : 21:39:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AC Invia a AC un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

grazie!!!!!

sei un grande!!
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