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freddy1
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Inserito il - 11 maggio 2009 : 09:31:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di freddy1 Invia a freddy1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Buongiorno , sono indeciso nell'acquisto di una pcr gradient .
Sarei intenzionato a prenderne una biorad o agilent .
Ho pero' un dubbio che non mi sono ancora tolto : e' vero che il limite di queste macchine e' che non possono essere usate da più di un utente,per fare piu’ pcr in contemporanea.
E’vero che l’abi può fare diverse pcr con diversi cicli termici per ogni fila? Qualcuno mi sa sciogliere codesto dubbio
freddy1

GFPina
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GFPina

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8408 Messaggi

Inserito il - 11 maggio 2009 : 18:50:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In genere le PCR gradient si utilizzano per avere diverse temperature durante la fase di annealing e ottimizzare la T di annealing dei primers.
Quindi il protocollo è lo stesso l'unica cosa che cambia è che avrai una diversa temperatura in ogni fila durante la fase di annealing, quindi non possono essere utilizzate per protocolli diversi da diversi utenti. A meno che le altre condizioni di PCR non siano identiche, ma varia solo la T di annealing allora puoi mettere 2 (o più) reazioni di PCR diverse in diverse file, ma comunque devi farle partire contemporaneamente.

Non ho idea di come funzioni l'ABI, bisognerebbe anche sapere il modello.

Comunque in questi casi la cosa migliore è contattare i vari rivenditori, dirgli di cosa hai bisogno e farti fare un'offerta di uno strumento in base alle caratteristiche che ti servono. Se poi riesci anche a farti dare uno strumento in prova, ancora meglio!

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freddy1
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11 Messaggi

Inserito il - 11 maggio 2009 : 21:00:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di freddy1 Invia a freddy1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
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Messaggio inserito da GFPina

In genere le PCR gradient si utilizzano per avere diverse temperature durante la fase di annealing e ottimizzare la T di annealing dei primers.
Quindi il protocollo è lo stesso l'unica cosa che cambia è che avrai una diversa temperatura in ogni fila durante la fase di annealing, quindi non possono essere utilizzate per protocolli diversi da diversi utenti. A meno che le altre condizioni di PCR non siano identiche, ma varia solo la T di annealing allora puoi mettere 2 (o più) reazioni di PCR diverse in diverse file, ma comunque devi farle partire contemporaneamente.

Non ho idea di come funzioni l'ABI, bisognerebbe anche sapere il modello.

Comunque in questi casi la cosa migliore è contattare i vari rivenditori, dirgli di cosa hai bisogno e farti fare un'offerta di uno strumento in base alle caratteristiche che ti servono. Se poi riesci anche a farti dare uno strumento in prova, ancora meglio!



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freddy1
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Inserito il - 11 maggio 2009 : 21:03:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di freddy1 Invia a freddy1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
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Messaggio inserito da freddy1

Citazione:
Messaggio inserito da GFPina

In genere le PCR gradient si utilizzano per avere diverse temperature durante la fase di annealing e ottimizzare la T di annealing dei primers.
Quindi il protocollo è lo stesso l'unica cosa che cambia è che avrai una diversa temperatura in ogni fila durante la fase di annealing, quindi non possono essere utilizzate per protocolli diversi da diversi utenti. A meno che le altre condizioni di PCR non siano identiche, ma varia solo la T di annealing allora puoi mettere 2 (o più) reazioni di PCR diverse in diverse file, ma comunque devi farle partire contemporaneamente.

Non ho idea di come funzioni l'ABI, bisognerebbe anche sapere il modello.

Comunque in questi casi la cosa migliore è contattare i vari rivenditori, dirgli di cosa hai bisogno e farti fare un'offerta di uno strumento in base alle caratteristiche che ti servono. Se poi riesci anche a farti dare uno strumento in prova, ancora meglio!








Ho provato ma credo di aver capito che non ne capiscono niente neanche loro. Sono sibillini . Io credo che sia impossibile che uno stesso termoblocco possa fare piu' reazioni di pcr .
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GFPina
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GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 11 maggio 2009 : 21:44:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
No infatti lo stesso termoblocco no, ma se le file sono formate da termoblocchi differenti si, anche se poi dovrebbero avere un coperchio differente altrimenti se il coperchio è termoriscaldato aprendo e chiudendo ti varia la temperatura.
Quello che so per certo che esistono sono macchinari che hanno più termoblocchi distinti, ad es. io ne uso uno MJ che ha 3 blocchi (1 da 96 e 2 da 48) e può essere utilizzato appunto da più utenti con protocolli diversi.

Ma lo strumento di cui parlavi sai come si chiama? Si può comunque andare a vedere le caratteristiche.

Se i rivenditori non ne sanno molto, come spesso accade, cerca di parlare col servizio tecnico, ci dovrebbe essere qualcuno che conosce i loro strumenti (anche se spesso all'estero)



P.S. per rispondere alle discussioni (se non vuoi citare quello detto nella risposta precedente) utilizza il tasto "rispondi" che trovi in alto sopra la discussione o in basso alla fine della discussione.

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freddy1
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11 Messaggi

Inserito il - 12 maggio 2009 : 05:40:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di freddy1 Invia a freddy1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
lo strumento e' un ABI Verity il modello . Lo pubblicizzano come strumento per pcr multiple , ma poi quando vai nel dettaglio...anche nel sito non e' chiaro .
Ne ho vista una nuova dell'azienda Qantarus conosci ?
Dove lavori ?
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GFPina
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GFPina

Città: Milano


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Inserito il - 12 maggio 2009 : 14:37:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da freddy1

lo strumento e' un ABI Verity il modello . Lo pubblicizzano come strumento per pcr multiple , ma poi quando vai nel dettaglio...anche nel sito non e' chiaro .

Ok sono andata a vedere sul sito di Applied, lo strumento è Veriti (facendo una ricerca veloce ieri per "Verity" ieri non lo avevo trovato)
Comunque questo è quello che dice la brochure informativa del prodotto http://www3.appliedbiosystems.com/cms/groups/mcb_marketing/documents/generaldocuments/cms_039232.pdf
Citazione:

VeriFlex blocks: enhanced PCR Functionality

The Veriti™ 96-WellThermal Cycler features innovative VeriFlex Blocks for enhanced PCR functionality.
Six separate peltier blocks provide maximal versatility and flexibility and offer two key benefits:
1) PCR Optimization: each block can be set with a specific temperature which is ideal for precise control over PCR optimization.
2) Run more experiments: the six peltier blocks can also be used to run up to six different annealing temperatures in the same run.

VeriFlex blocks: A better than gradient approach

VeriFlex™ Blocks on the Veriti Thermal Cycler provide a better than gradient approach to PCR optimization. With six separate peltier blocks , you can precisely set and control the temperature in each block.
• Use the on-boardTm calculator to approximate the optimal annealing temperature.
• Run up to six separate temperatures in the same plate to determine the optimal annealing temperature.
• VeriFlex Blocks maintain their thermal characteristics between optimizing and isothermal conditions–eliminating the need for further optimization steps.

VeriFlex blocks: More than just for pcr optimization

VeriFlex Blocks have an additional benefit over gradient thermal cyclers. Since the peltier blocks are separate, it is possible to run up to six different temperatures in the same protocol step (Figure 1).
• Run up to six different annealing temperatures for cycle sequencing or endpoint PCR.
• Incubate samples at six different temperatures simultaneously

In pratica ti dice semplicemente che ci sono 6 blocchi separati, non è un blocco unico come nei classici Thermal Cycler a gradiente, però il coperchio è unico e anche la programmazione.
Quindi l'unica differenza con un altro Thermal Cycler a gradiente è questa:
quando imposti la temperatura di un gradiente in un blocco unico la temperatura di una "fila" sarà influenzata anche da quelle vicine, si forma appunto un gradiente di temperatura. Tu imposti la T max e la T min e non puoi impostare quelle delle altre file, ma queste saranno definite secondo un gradiente.
Se invece hai dei blocchi separati, la temperatura impostata da ogni blocco è indipendente e non scegli solo la T max e la T min ma puoi impostare indipendentemente la T di tutti i blocchi.
Quindi se imposti un gradiente classico, ad es con T max=60 e T min=50 , avrai una situazione di questo tipo:
A 60.0
B 57.9
C 56.2
D 55.4
E 54.6
F 53.8
G 52.1
H 50.0
Invece i blocchi separati ti permettono di impostare temperature ben distinte, ad es.:
A 60.0
B 50.0
C 62.5
D 48.0
E 55.0

Quindi se devi effettuare diverse PCR in contemporanea con T di anealing differenti il secondo caso è più comodo perché imposti direttamente le T che ti servono. Nel primo caso invece devi mediare un po' ad es. se devi fare 3 PCR a A 60.0, 56.0 e 52.0 non hai in realtà esattamente quella temperatura, ma saranno 60.0, 56.2 e 52.1.

Se invece la tua necessità è quella di fare PCR distinte con protocolli diversi (non solo la T di anealing), e magari anche farle partire separatamente devi prendere un Thermal Cycler con moduli distinti (come quello che abbiamo qui), sono tipo questi:




Citazione:
Messaggio inserito da freddy1

Ne ho vista una nuova dell'azienda Qantarus conosci ?

No mai sentita, ma dando un'occhiata veloce al sito mi sembra la stessa cosa delle altre.

Citazione:
Messaggio inserito da freddy1

Dove lavori ?

All'università di Helsinki!

Spero la mia spiegazione sia stata esauriente!

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freddy1
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Inserito il - 13 maggio 2009 : 08:16:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di freddy1 Invia a freddy1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie molto esaustiva ....e gentile sei italiana?
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GFPina
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GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 13 maggio 2009 : 13:34:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Prego!
Si sono Italiana, anche se espatriata per un pochino!
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freddy1
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Inserito il - 14 maggio 2009 : 22:46:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di freddy1 Invia a freddy1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
da quale universita' italiana ?
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GFPina
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GFPina

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Inserito il - 15 maggio 2009 : 12:15:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Milano!
Però scusa freddy1, non me ne volere, ma questa discussione sta diventando più una chat.
Ve vuoi fare domande che non c'entrano con il topic della discussione, puoi utilizzare i messaggi privati se sono rivolte ad un utente in particolare oppure se sono domande di carattere generale utilizzare la sezione "Off-topic", ad es. trovi questo topic interessante degli utenti di MolecularLab emigrati all'estero: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=2707

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