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happyTrp
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Inserito il - 12 maggio 2009 : 11:11:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di happyTrp Invia a happyTrp un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti!! ho l'esame di biologia molecolare tra una settimana e ci sono 2 domande a cui non so rispondere....

1)Durante lo screening di una libreria di cDNA di muscolo scheletrico di topo, ha isolato due cloni che ibridizzavano con la sonda oligonucleotidica utilizzata. Dopo l’isolamento del DNA ha effettuato una restrizione e ha determinato le dimensioni dei due frammenti. Il primo cDNA è lungo 2400 bp mentre il secondo è lungo 2100 bp.
a. Considerato che la proteina codificata dal gene in questione pesa circa 70 kDa, ritiene che i cloni isolati siano da considerare entrambi “buoni”?
b. Se sì, fornisca una spiegazione per la differenza di dimensione.
c. Se no, quale dei due cloni è da considerarsi positivo e quale negativo e perché.
d. Se nessuno è “buono” cerchi di spiegare perché.
e. Per verificare le ipotesi formulate come procederebbe?

2)Nel laboratorio in cui lavora è stato clonato il cDNA codificante una proteina X di 470 aa. Analizzando la sequenza è stata identificata una putativa regione di legame con la proteina Y che corrisponde agli ultimi 35 aa della porzione C-terminale. Nel laboratorio è stato messo a punto un saggio che permette di determinare l’interazione tra le proteine X e Y.
a. Per stabilire che è proprio la regione identificata con l’analisi di sequenza quella coinvolta nell’interazione, potrebbe essere utile produrre delle delezioni?
b. E’ possibile farlo utilizzando la tecnica della PCR?
c. Faccia un disegno nel quale, schematicamente, indica dove posizionerebbe i primers da utilizzare per produrre i deleti.
d. Che cos'è una libreria di cDna d'espressione?

qualcuno mi può aiutare? grazie

happyTrp
Nuovo Arrivato



8 Messaggi

Inserito il - 13 maggio 2009 : 11:42:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di happyTrp Invia a happyTrp un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
QUALCUNO RIESCE A RISPONDERMI ALLA PRIMA DOMANDA....SOLO QUELLA !!! PLEASE PLEASE!!!!
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 13 maggio 2009 : 17:16:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh lo scopo di queste domande sarebbe farti ragionare sulle cose, prova a scrivere una bozza di ragionamento e poi magari se ne può discutere.
La cose che devi sapere sono il peso molecolare medio di un aminoacido che corrisponde a circa 115, e come è fatto il cDNA o meglio l'mRNA.
Da quei due mRNA ti aspetteresti di ottenere una proteina di circa 70 kDa? Si, No, perché?
Possono 2 mRNA codificanti per la stessa proteina essere diversi? Come?
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happyTrp
Nuovo Arrivato



8 Messaggi

Inserito il - 15 maggio 2009 : 09:49:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di happyTrp Invia a happyTrp un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
allora ..ho provato a pensare...ma non so se è corretto o logico..

considerando che un aa pesa 115 (arrotondiamo per semplificare a 100) e che 3 nt codificano per un codone/tripletta, avendo un gene che codifica una prot dal peso di 70 kDa (70000 Da) posso determinare il numero di aa e di nt che compongono il gene (....credo...)
70000/100= 700 700x3=2100
da ciò si deduce che entrambi i frammenti ottenuti sono "buoni" ma a mio parere quello da 2400 bp è migliore, perchè (..forse..) è sempre meglio avere una sequenza oligont un po' più lunga della sequenza genica in quanto potrebbero essere presenti seq non codificanti (es. PoliA in 3' o Cap in 5') che non favoriscono o ottimizzano l'ibridazione.....

io dagli appunti che ho ho dedotto ciò, ma la terminologia può essere sbagliata e il ragionamento scorretto .....spero nel consigio di qualcuno...grazie
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 15 maggio 2009 : 11:59:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io ho fatto i conti con 115 e quindi mi vengono valori più elevati, comunque il ragionamento è abbastanza corretto.
L'unica cosa ti sei dimenticato due parti importanti che fanno parte dell'mRNA e non vengono tradotte in proteina, quali? (te lo dice il nome!)
Non PoliA e 5'Cap che sono comunque delle sequenze molto piccole.

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