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robberta
Nuovo Arrivato



4 Messaggi

Inserito il - 19 maggio 2009 : 19:02:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di robberta Invia a robberta un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti sono certa che nessuno mi rispondera ma ci provo lo stesso allora il mio prof di ingegneria genetica che è un pazzo geniale ha deciso di farci fare un esame molto pratico peccato pero che tutto questo sia preteso senza effettivamente averci dato la possibilita di operare direttamente in laboratorio. comnque per farla breve voi come lo risolvereste un problema del genere?
1) Un vostro collega etologo vi chiede aiuto: la colonia di gorilla ugandesi che sta studiando da anni e’ falcidiata da una malattia. Un veterinario ha stabilito che la morte degli animali e’ dovuta ad una forma leucemica con caratteristiche simili ad alcune patologie leucemiche umane.
Dopo una rapida ricerca in banca dati scoprite che tali leucemie nell’uomo sono dovute alla variazione nell’espressione di quattro diversi fattori trascrizionali contemporaneamente.
Avete a disposizione alcuni campioni di siero di animali affetti dalla patologia.
Indicare un programma sperimentale per punti che possa permettervi di identificare il gene (o i geni) di gorilla implicati nella malattia.

Dionysos
Moderatore

D

Città: Heidelberg


1913 Messaggi

Inserito il - 19 maggio 2009 : 20:16:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mh,sarà un pazzo, ma tanto geniale non mi sembra:

> Col siero dei gorilla non ci fai nulla
(ti serve quantomeno il sangue intero
per poter fare un'analisi genetica!)

> Se dice solo "variazione" nell'espressione di TF
non ti permette di capire se sono upregolati oppure
downregolati: se non lo sai non puoi costruire un
modello sperimentale della malattia, e quindi non
puoi confermare a livello del fenotipo i geni che
identifichi. Vale a dire che non puoi pronunciarti.

Per il resto non capisco cosa c'entri l'ingegneria genetica:
sembra piuttosto un problema di bioinformatica, visto che si
tratterebbe di cercare gli ortologhi di un primate a partire
da geni umani...oppure mi sfugge qualcosa?


Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)

Less Jim Morrison, more Sean Morrison!


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Patrizio
Moderatore

mago

Città: Vancouver


1900 Messaggi

Inserito il - 19 maggio 2009 : 20:57:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Patrizio  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Patrizio Invia a Patrizio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
SCusa mi sto mangiando la testa,
ma anche perche' non è che le proteine vengono riversate nel plasma rimarrebbero nelle cellule e poi ..quel cretino di veterinario che fa preleva il sangue e si tiene le cellule? si con il siero puoi rilevare dei marker tumorali,ma non mappare il gene...


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paolo865
Utente Junior


Prov.: Como
Città: Olgiate Comasco


262 Messaggi

Inserito il - 19 maggio 2009 : 23:02:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di paolo865 Invia a paolo865 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
effettivamente l'esercizio mi sembra impostato maluccio e con diversi gap...diciamo che, come dice dionysos, solo avendo il mano il genoma del gorilla (e quindi dei campioni ematici) potresti cercare dei geni ortologhi a quelli che codificano per i TF implicati nella leucemia nell'uomo...poi potresti vedere se e quali mutazioni sono in comune e provare a vedere se mutando la proteina wt il TF viene espresso in maniera differente dal wt (per espressione si intende espressione della proteina e non dell'mRNA)...è probabile che alla fine le mutazioni implicate nella patologia rendano i TF più/meno stabili nella cellula e in seguito l'attività ne risulta alterata...in tal caso puoi studiare un ligando mediante procedure di docking molecolare che magari è in grado di destabilizzare/stabilizzare la struttura dei TF...ciao
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drophy
Nuovo Arrivato

drophy

Prov.: lecce
Città: copertino


11 Messaggi

Inserito il - 20 maggio 2009 : 22:33:49  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di drophy Invia a drophy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
effettivamente dal siero non puoi fare niente, magari il prof. ha sbagliato e voleva dire sangue totale..succede anche ai prof. di sbagliare, per fortuna!
partendo dal presupposto che tra gorilla e uomo c'è una forte conservazione a livello genetico,non è irragionevole pensare che anche nella patologia del gorilla possano essere coinvolti gli stessi fattori.Io farei così:
estrazione del dna genomico da sangue di animale malato
costruzione di una library contenente tutti i frammenti di dna estratto clonati
screening dei tuoi cloni(southern o array)utilizzando come probe il cDNA dei geni che codificano per i fattori di trascrizione umani
se ottieni un segnale positivo di ibridazione hai quanto meno la certezza che i geni che codificano per i TF umani sono conservati in gorilla
puoi isolarli,clonarli e metterli in vettori per l'espressione in modo tale da poterti costruire gli anticorpi.
a questo punto farei un western per vedere i livelli di espressione proteica di questi fattori sia su estratti proteici totali da gorilla malati che wild type per vedere se trovi riduzione o aumento rispetto al controllo selvatico.

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