allineamento tra 2 sequenze discordante

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Lindbergh
Nuovo Arrivato

7 Messaggi

Inserito il - 27 maggio 2009 : 17:21:26

Sottoponendo una sequenza nucleotidica in BLAST ottengo come risultato dell'allineamento un'altra sequenza con Identities=99%, cio� una sequenza quasi identica. Allineando queste due sequenze con ClustalW o T-coffee l'identit� � invece del 50%.
Qualcuno potrebbe spiegarmi la ragione di questa grande differenza nei risultati dell'allineamento? Grazie anticipatamente!

Saluti

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 27 maggio 2009 : 19:22:09

Probabilmente hai scelto un modello di allineamento locale su blast, e uno globale su clustalw/tcoffee.

Controlla le posizioni di inizio/fine della sequenza allineata, e la lunghezza dell'allineamento.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

Lindbergh
Nuovo Arrivato

7 Messaggi

Inserito il - 28 maggio 2009 : 00:12:59

Grazie per la risposta

Come hai ben capito sono alle prime armi e ti prego di scusarmi per le banalit� che scrivo.

Controllo allineamento blast: la sequenza Query inizia con 2 e finisce con 575, mentre la sequenza Sbjct inizia con 597 e termina con 23. La lunghezza � 602. Quindi, che significa?

E' possibile con Blast scegliere il tipo di allineamento locale o globale come in ClustalW?