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dottomarco
Nuovo Arrivato
18 Messaggi |
 Inserito il - 10 giugno 2009 : 15:29:51
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Qualcuno sa' spiegarmi come mai le sonde Taq-Man (oltre che per il gene-expression ecc.) vengono usate solo per la detection di mutazioni SNPs e non di altri tipi di mutazioni tipo delezioni o inserzioni?
Mi spiego.... se io volessi usare una sonda Taq-Man per scovare una SNP mi aspetto di vedere il segnale luminoso quando la sonda si attacca al DNA che si sta amplificando grazie ai primers e alla PCR. Se la sonda non si attacca perche'il polimorfismo presente nel DNA e' diverso da quello complementare previsto nella sonda non ho il segnale luminoso perche' il quencer e' in prossimita' del fluoroforo.
Nel caso in cui invece il fluoroforo si stacca dalla sonda perche' essa e' esattamente complementare al DNA ho un segnale luminoso.
Ma se invece di una SNP sto cercando una macrodelezione.. diciamo tipo 50bp o +... la sonda che va a cercare se quella delezione c'e' o meno, comunque mi dara' questa informazione, in quanto.. se la delezione non c'e' ho il segnale perche' la sonda si attacca, mentre se la delezione c'e' la sonda non si attacca, e quindi non emettera' segnale.
Mi perdo qualche passaggio??? Se no, allora perche' tutti parlano di usare le Taq-Man per mutazioni del solo tipo SNP??
grazie a tutti quelli che mi risponderanno.
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GFPina
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dottomarco
Nuovo Arrivato
18 Messaggi |
Inserito il - 11 giugno 2009 : 15:24:15
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| grazie... non capivo infatti perche' quasi ovunque dove si parla di Taq-Man ci si riferiva solo a SNPs, e pensavo di essermi perso qualche limitazione, che in effetti non esiste |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 11 giugno 2009 : 23:41:10
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No sinceramente credo solo che sia perchè esistono altri metodi per andare a vedere inserzioni e delezioni, ad es anche con una semplice PCR end point (se la delezione non è troppo grande si intende, ma comunque ci sarebbe la stessa limitazione con la Real-Time).
Invece come applicazione della Real-Time Taq-Man è più utilizzata sicuramente la ricerca di SNPs, ma non che non sia fattibile per delezioni e inserzioni!
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