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ValeMedLav
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
 Inserito il - 05 aprile 2006 : 15:02:00
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Ciao.
Sto cercando un programma che mi dia un punto di partenza per stabilire le condizioni di PCR, a partire da primer fissi.
Tutti quelli che finora ho provato chiedono di inserire la sequenza e disegnano loro i primer ma questo non va bene....
Qualcuno può aiutarmi?
Grazie!!!
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cristiano
Nuovo Arrivato
Prov.: Novara
Città: novara
37 Messaggi |
 Inserito il - 05 aprile 2006 : 17:01:54
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| non credo che esista un programma simile, normalmente per stabilire le condizioni di PCR conoscendo la sequenza dei primer e la loro temperatura di annealing si fa una prova con le condizioni standard di buffer, MgCl e dNTPs e poi al limite si cerca di ottimizzare. Se invece conosci solo la sequenza ma non la temperatura ci sono diversi programmi pe il calcolo, io uso 'primer express'. |
CRI |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 06 aprile 2006 : 21:00:05
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Si anch'io non ho mai sentito di un programma simile!
Di solito ci sono programmi per trovare i primers o per il calcolo della Tm (ma ci sono vari modi di calcolarla e ogni programma ti dà un risultato diverso!).
Per le condizioni di PCR, se intendi le temperature e i tempi a cui devi impostare il Thermal Cycler con una Taq polimerasi ad esempio hai bisogno uno step di denaturazione a 95°C per 30-60sec, uno step di anealing che dipende dalla Tm dei tuoi primers (circa da 2-4°C inferiore alla Tm dei primers) e infine uno step di allungamento a 72°C (per la Taq ploimerasi!) di 1min ogni 1Kb il tutto ripetuto per 25-40 cicli. Poi puoi aggiungere prima di tutto una denaturazione iniziale di 3-10min. (1 ciclio) e alla fine di tutto un allungamento finale di 5-10min.
Questo indicativamente! Poi dipende da molti fattori. La cosa migliore comunque è fare diverse prove a varie temperature di anealing e vedere quale funziona meglio!
Spero queste indicazioni ti siano utili!
Ciao
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gianlu1000
Nuovo Arrivato
Prov.: Messina
26 Messaggi |
Inserito il - 12 aprile 2006 : 21:43:37
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| Prova col vector,nn so se dove lo puoi prendere ma è un programma per la realizzazione di primer |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 12 aprile 2006 : 22:46:48
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VectorNTI si può ottenere in licenza gratuita per lab accademici dal sito dell'invitrogen...
è un ottimo programam per gestire sequenze, non so per i primer dato ke li disegno a mano ma cmq non da certo le condizioni della pcr.
Com'è stato già detto non credo che esistano, le condizioni dipendono molto dalla polimerasi che usi e da cosa vuoi far uscire dalla tua pcr. Prova a basarti sul data-sheet dell'enzima che devi usare |
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ValeMedLav
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
Inserito il - 18 aprile 2006 : 12:46:56
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Grazie per tutti consigli! 
Ho fatto "ad occhio" e per ora è andata bene...
Sperem!
Ciao |
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Barney1
Nuovo Arrivato
61 Messaggi |
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