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Cecilia Balestreri
Nuovo Arrivato


Prov.: Mantova


2 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2009 : 13:18:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Cecilia Balestreri Invia a Cecilia Balestreri un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao! ho una data sequenza in FASTA e la metto nella mascherina di blast. Ora, l'esercizio mi chiede di trovare il numero di hits con significatività E<0.1. Come faccio a cambiare il parametro E? devo modificare l'expect treshold nei parametri dell'algoritmo?
grazie

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2009 : 14:24:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se la mascherina a cui ti riferisci é come questa:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/BlastGen/BlastGen.cgi?taxid=9606

devi cambiare in 'Optional Parameters' il valore 'Expect'.

In ogni caso, ti conviene leggere l'help di blast.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Cecilia Balestreri
Nuovo Arrivato


Prov.: Mantova


2 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2009 : 16:22:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Cecilia Balestreri Invia a Cecilia Balestreri un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ok, ho usato un'altra mascherina. Proverò a rifare l'esercizio entrando in blast da NCBI.
grazie!!
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