ChIP on chip e amplificazione

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Autore

Discussione

zerhos
Utente Junior

Prov.: Pisa
Citt�: Pisa

421 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2009 : 20:37:47

ho un dubbio sulla chip

una volta che abbiamo purificato il frammento di DNA possiamo analizzarlo tramite PCR-quantitativa o ibridazione su chip

-la PCR giustamente la possiamo usare quando conosciamo(o ipotizziamo) quale sia la sequenza consenso a cui si lega il TF

-quando non lo conosciamo facciamo una chip on chip,ma non credo che la quantit� di cromatina precipitata e purificata sia sufficiente per farla ibridare,dovremmo amplificarla....

cosa facciamo?mettiamo dei tag al 5' e al 3' e amplifichiamo per PCR,
ma come?. Questo punto mi rimane oscuro,aiutatemi a fare luce,grazie.

ne approfitto anche per fare questa domanda sul microarray:
i chip dell affymetrix presentano per ogni "feature" un tot di oligo tutti uguali per permettere l'ibridazione e una stessa quantit� di oligo differenti solo per una base.questi ultimi servono come misurazione dell'ibridazione aspecifica di fondo......

penso proprio di non comprendere bene questa cosa...

"l'unica differenza tra me e un pazzo � che io non sono pazzo!"
Salvador.Dal�

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 22 giugno 2009 : 23:44:28

Rispondo alla prima per ora... sulla seconda mi sembrava ci fosse gi� qualcosa, ma non so se ricordo male.

Ci sono vari metodi di amplificazione del DNA immunoprecipitato:
- LM-PCR (Ligase mediated PCR)
- Random Primer PCR
- T7 extension
che trovi riassunti e raffigurati qua:
Amplification Methods (da: Microarray Technology Through Applications) vedi pagine 59-60

poi si parla anche di WGA (Whole genome amplification) che in sostanza sono i metodi detti prima e alcune modifiche.