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 progetto oligonucleotidi per adaptor
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maddy
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26 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2009 : 17:10:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di maddy Invia a maddy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao ,non capisco questo problema ..forse è gia stato discusso ma non lo trovo in caso mi stia ripetendo mandatemi pure alla discussione e mi scuso in anticipo.
ilproblema è il seguente:

PER CLONARE UN FRAMMENTO DI DNA OTTENUTO DA TAGLIO CON ENZIMA DI RESTRIZIONE XhoI in un vettore taglio con l'enzima PstI .PROGETTARE OLIGONUCLEOTIDI NECESSARI PER COSTRUIRE TALE ADAPTOR NELA DIREIONE 5'>3'.
dunque parto da una conoscenza di definizione adaptor:coppie di brevi nucleotidi che si appaiano tra loro creando frammenti con estremità coesive differenti.
ma in questo caso quali sono le sequenze da usare?
gazie

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2009 : 17:38:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh tu hai un frammento che è stato tagliato con XhoI, devi metterlo in un vettore che ha invece le estremità per PstI, quindi l'adattarore dovrà avere la sequenza complementare per XhoI verso il tuo frammento e per PstI all'esterno.
Devi ottenere qualcosa del tipo:
PstI-XhoI-FRAMMENTO-XhoI-PstI

prova ad andare a cercarti le sequenze riconosciute da questi 2 enzimi, vedere dove tagliano e prova a scrivere come faresti gli adattatori.
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maddy
Nuovo Arrivato



26 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2009 : 21:05:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di maddy Invia a maddy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
C*TCGAG
Xhol GAGCT*C


PstI CTGCA*G
G*ACGTC


*=DOVE TAGLIANO QUESTI ENZIMI

OTTERRò

TGCAGC
ACGTCGAGCT

GUISTO?
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maddy
Nuovo Arrivato



26 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2009 : 21:16:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di maddy Invia a maddy un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
C*TCGAG
GAGCT*C
Xhol


CTGCA*G
G*ACGTC
PstI

ECCO DOVEVA ESSERE COSI MA GLI SPAZI SOPRA RIPORTATI HANNO ERRATO LA COPIATURA....
GFPINA è GIUSTO SECONDO TE?
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8380 Messaggi

Inserito il - 24 giugno 2009 : 23:57:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per mantenere il testo allineato devi utilizzare il tag code:
[code ] [ /code]
quello che scrivi in mezzo rimarrà allineato.
Vedi qua per l'utilizzo dei vari tag: Come formattare il testo



Allora per quanto riguarda la risposta io intendevo una cosa fatta così:

    NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

dove in rosso sono gli adattatori e in blu il frammento, come li hai disegnati tu gli adattatori avresti un filamento blut che dovresti tagliare con PstI per renderli blunt.

Ma non continuerei su questa strada, scusa ho sbagliato io prima!
Una strategia più intelligente è quella di fare un adapter che si va a legare al vettore, (come farebbe il frammento con i siti giusti per intenderci) quindi conterrà all'esterno le sequenze complementari a quelle del vettore (tagliato da PstI) e all'interno la sequenza di XhoI, il vettore si richiuderà, poi tagli con XhoI e hai i siti complementari a quelli del tuo vettore.
La strategia è quella che vedi in figura:



In questo modo ti costruisci l'adattatore, che sarà una sequenza a singolo filamento (indicata da 5' a 3'), palindroma che si appaia con sé stessa facendo l'adattatore.
Questo è in effetti quello che ti chiedeva l'esercizio.
A questo punto prova a scrivere la sequenza, che è anche più facile rispetto a prima!

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