Ma i primer come sono stati disegnati?
Qua il risultato dice:
>NT_019501.13 Homo sapiens chromosome 9 genomic contig, reference assembly
product length = 1474
Features flanking this product:
3734 bp at 5' side: similar to hCG2021566
23959 bp at 3' side: similar to lipocalin-like protein
Forward primer 1 TGGTAGTTGGAGCTGG 16
Template 1389460 G...G.G......... 1389475
Forward primer 1 TGGTAGTTGGAGCTGG 16
Template 1390933 ...AG..........T 1390918
hai un frammento che si amplifica da una sequenza presente sul cromosoma 9
ti da un prodotto di 1474bp
ti dice le caratteristiche della sequenza amplificata:
Features flanking this product:
3734 bp at 5' side: similar to hCG2021566
23959 bp at 3' side: similar to lipocalin-like protein
cioè al 5' distante 3740bp hai la sequenza di "similar to hCG2021566" (qualcosa di non meglio identificato)
e al 3' "similar to lipocalin-like protein"
sta di fatto che evidentemente non c'entra con la tua sequenza.
e poi ti dice dove solo localizzati i primers su quella sequenza amplificata, e vedi innanzitutto che il reverse manco si attacca ma hai amplificazione solo con il forward, che in questo caso funge sia fa FW che da RV e inoltra l'appaiamento non è neanche troppo specifico, hai dei mismatchs:
Forward primer 1 TGGTAGTTGGAGCTGG 16
Template 1389460 G...G.G......... 1389475
Forward primer 1 TGGTAGTTGGAGCTGG 16
Template 1390933 ...AG..........T 1390918
sei sicuro che i primers riconoscano la tua sequenza?
Quanto dovrebbe essere l'amplificato?
Hai provato a fare un blast (non primer blast) con i singoli primers per vedere dove si attaccano?
Risultato Primer Blast
Didattica
Inserito il - 24 giugno 2009 : 21:33:11
