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 regressione: elevata dispersione
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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 14 luglio 2009 : 13:51:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho fatto delle misure (non posso spiegarvi di cosa), comunque la dispersione è "elevata" graficamente , ma riesco ad avere una retta di regressione buona con un r^2 corretto dello 0.9. Siccome ho fatto molte prove per avere una regressione buona, è possibile togliere i dati meno influenti così da avere dei grafici migliori (con meno dati ed una ridotta dispesione) senza alterare in modo significativo la retta di regressione trovata? Posso raggiungere questo scopo eliminando i dati i cui residui standardizzati sono al di fuori della banda di confidenza?

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 15 luglio 2009 : 08:11:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se non hai ragioni pratiche per eliminare quei dati (es. qualcosa che è andato storto mentre li misuravi) non toglierli. Pensa piuttosto a perchè hai un'alta dispersione. Inoltre hai ragionato sul fatto che magari le due variabili non sono linearmente correlate?

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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 15 luglio 2009 : 10:25:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Potresti aggiustare il valore di alpha, in modo da rendere semi-trasparenti i valori distaccati.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 15 luglio 2009 : 10:55:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm

Potresti aggiustare il valore di alpha, in modo da rendere semi-trasparenti i valori distaccati.



Cioè in che modo?
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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 15 luglio 2009 : 10:57:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Se non hai ragioni pratiche per eliminare quei dati (es. qualcosa che è andato storto mentre li misuravi) non toglierli. Pensa piuttosto a perchè hai un'alta dispersione. Inoltre hai ragionato sul fatto che magari le due variabili non sono linearmente correlate?



diciamo che nel fare la misura c'era molto "rumore" a causa del situazione particolare in cui si trovava a misurare lo strumento
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 15 luglio 2009 : 13:24:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh, allora non ci puoi fare nulla. Personalmente preferisco lasciare tutti i dati e motivarne la dispersione piuttosto che arbitrariamente cancellarne alcuni in quanto "brutti".

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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 15 luglio 2009 : 15:47:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
no pensavo che ci fosse un modo per cancellare i punti in base alla distrubuzione di probabilità, ad esempio: il l'80% dei punti si trova in una certa zona e quindi si potrebbe cancellare il restante 20%. Non sò se mi sono spiegato bene.
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TMax
Utente Junior

TMax

Prov.: BG
Città: Capriate


270 Messaggi

Inserito il - 15 luglio 2009 : 18:14:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di TMax Invia a TMax un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
scusa se hai una sovradispersione forse si tratta di una condizione da trattare in modo specifico
con ad esempio l'uso di regressione di Poisson o regressione binomiale negativa.
non cercherei di piegare i dati alle aspettative:-)
però non conoscendo la natura dei dati non posso capire bene il tipo di problema o cosa intendi tu per sovradispersione.

ciao
TMax
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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 16 luglio 2009 : 13:06:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
no non voglio assolutamente piegare i dati alle aspettative, avendo fatto molte prove ed avendo una dispersione elevata, comunque un trend è ben visibile anche ad occhio nudo, ma essendoci una certa dispersione, l'R^2 corretto non'è altissimo (0.6). Volevo solo eliminare i dati "anomali" cioè dati che probabilisticamente sono meno importanti rispetto ad altri. Io conosco solo la regressione lineare, non sapevo che esistessero altri tipi di regressioni. Proverò a vedere queste altre due tipologie di regressioni
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 16 luglio 2009 : 14:16:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per regressione si intende una tecnica che ti permette di mettere in relazione una variabile dipendente ad una o più variabili dipendenti.

Se la relazione fra le due è lineare allora si può fare una regressione lineare, ad es. con il metodo dei minimi quadrati (ma non è il solo metodo esistente).

La relazione non è però necessariamente lineare: le due variabili possono ad es. essere in una relazione logaritmica o quadratica o una qualsiasi relazione.

Prendi un caso tipicamente "biochimico": la velocità di una reazione enzimatica in funzione della concentrazione di substrato.
Le due variabili (velocità e concentrazione) sono correlata, ma non in modo lineare, bensì in modo iperbolico (secondo la legge di Michaelis-Menten).
In questo caso se tu vai a misurare la velocità in funzione della concentrazione puoi poi "modellare" un'iperbole tramite un opportuno metodo di regressione.

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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 17 luglio 2009 : 15:04:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
sì quelle cose le sapevo, ero solo interessato a sapere se c'era ed in quale modo vanno trattati i dati con una certa dispersione. Ho visto letto in rete che se la varianza non è almeno 3 volte la grandezza delle veariabili misurati allora la misura non'è buona. Nel mio caso la varianza è circa 1/20 dei valori da me misurati, quindi non credo di poter dire che la misura fatta è pessima.

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serbring
Utente Junior



486 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2009 : 11:54:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
una domanda, come posso con R fare una regressione con un modello delle equazione scelto da me?
Il modello in questione è il seguente:

y=D*sin(c*atan(b*x-e*(b*x-atan(b*x))))



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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2009 : 22:17:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora, lo puoi fare in vari modi.

Due metodi sono la Least Square Extimation (LSE), che è essenzialmente il metodo dei minimi quadrati e la Maximum Likelihood Extimation (MLE).

In entrambi i casi dovrai partire da un set di parametri iniziali (nel tuo caso D, c, b, ed e) che poi verranno ottimizzati per trovare il fit migliore.
Nel caso della LSE vai a minimizzare la somma dei quadrati dei residui, nella MLE vai a massimizzare L(D,c,b,e|y), cioè la likelihood che il modello con quei parametri rappresenti effettivamente i tuoi dati sperimentali y.
Ti consiglio questo articolo a riguardo: Tutorial on maximum likelihood extimation - Myung - Journal of Mathematical Psychology 47 (2003) 90–100

In generale, per motivi che -ti dico la verità- non mi sono chiarissimi (anzi, se qualcuno avesse la bontà di spiegarmeli...), i matematici preferiscono la MLE alla LSE.

---

Detto questo, in R ci sono molti modi di fare un fit. Puoi fare un fit tramite LSE usando nls (nonlinear least squares), mentre per la MLE puoi usare ad es. la funzione mle del package stats4 (ma si può anche fare in altri modi).


LSE:

# Innanzitutto creiamo una funzione del tuo modello
myModel = function(x,D,c,b,e)
	{
	D*sin(c*atan(b*x-e*(b*x-atan(b*x))))
	}
 
# qui dovresti caricare i tuoi dati.
# Io metto dei dati fittizi che genero secondo il tuo modello
x = 1:100
y = myModel(x, 5, 0.35, 0.22, 4)
# aggiungo un po' di "rumore" per non avere dei punti "perfetti"
y = y + 0.25*rnorm(100)

# chiamiamo nls
# la funzione richiede dei parametri iniziali. Io ovviamente qui
# so già il risultato... quindi è facile sceglierli!!!
# In una situazione reale devi avere un qualche metodo di trovare dei
# buoni parametri iniziali, che approssimino bene la soluzione.
#model = nls(y~myModel(x,D,c,b,e), start=list("D"=3.5, "c"=0.5, "b"=0.4, "e"=2))
res = coef(model)

print(res)

# Disegnamo i nostri punti sperimentali
plot(x, y, pch=20, col="gray")
# La curva teorica
points(x, myModel(x, 5, 0.35, 0.22, 4), "l", col="blue", lwd=1)
# E il fitting
points(x, myModel(x, res[1], res[2], res[3], res[4]), "l", col="red", lwd=2)


Questo codice ti darà dei risultati tipo (cambiano ogni volta perchè la componente di rumore è variabile)

        D         c         b         e 
2.7267419 0.7733281 0.1576721 5.4495819 

che, pur non essendo esattamente quelli teorici (sulla base dei quali ho generato i miei dati) danno un buon fit. La curva rossa è il fit ottenuto con nls, la blu è la curva teorica.



===

MLE

Ho provato a mettere giù una funzione per questa ma mi dà sempre errore... probabilmente sbaglio qualcosa nella funzione di log-likelihood... magari qualcun altro più esperto saprà chiarirci le idee.

Giusto per, ti aggiungo il codice (che però non funziona!)


# generi i dati come sopra
# definiamo una funzione che calcola la likelihood per il tuo modello. 
# Vedi http://www.weibull.com/hotwire/issue33/relbasics33.htm per una breve
# spiegazione di come ottenere questa funzione... evidentemente c'è un errore qui
likFunct = function(D, c, b, e)
	{
	-log(sum(myModel(x, D,c,b,e)))
	}

# chiamiamo mle.
model = mle(likFunct, start=list("D"=5.1, "c"=0.3, "b"=0.2, "e"=4.1))
res = coef(model)
print(res)

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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 23 luglio 2009 : 15:46:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
perfetto grazie chick, adesso lo provo subito. Un ultima domanda, ma se io non conoscessi il modello matematico tra una variabile x ed una y, qual'è la tipologia di regressione che mi massimizza l'r^2? La rete neurale è la migliore?
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


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Inserito il - 23 luglio 2009 : 18:17:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora, bisogna innanzitutto dire che NON è detto che avendo due modelli uno con R2 = 0.95 e uno con R2=0.76 il primo sia meglio del secondo.

I tuoi dati sperimentali derivano da un certo processo che tu cerchi di modellare con un'espressione matematica. Probabilmente non troverai mai la VERA espressione matematica che genera quei dati, ma ti ci puoi avvicinare (infatti stai costruendo un *modello*).

Non sono così tanto esperto a riguardo e non ho mai usato reti neurali per questi scopi, quindi non so dirti se sia o meno una buona idea utilizzarle. Forse però la cosa potrebbe diventare un po' "ipotetica", non credi? Cioè, se non hai almeno un'idea di quale sia il processo alla base di ciò che stai misurando allora non avrai comunque modo di confermare il risultato che ti sputa fuori la rete neurale...

Credo che altri metodi da considerare prima di buttarsi nelle reti neurali siano la regressione locale (LOESS) o lo spline-fitting.

Poi ad ogni modo il tutto dipende da cosa ci vuoi fare con questo modello, da che tipo di dati stai analizzando etc etc

PS: ho visto alcuni lavori in cui per comparare diversi modelli utilizzano il test di Kolmogorov-Smirnov, scegliendo come migliore quello con la p maggiore. Tuttavia anche negli stessi articoli che fanno uso di questo tipo di test dicono che la cosa è abbastanza arbitraria... (e non so quanto sia statisticamente corretta)

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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 24 luglio 2009 : 14:21:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Allora, bisogna innanzitutto dire che NON è detto che avendo due modelli uno con R2 = 0.95 e uno con R2=0.76 il primo sia meglio del secondo.

I tuoi dati sperimentali derivano da un certo processo che tu cerchi di modellare con un'espressione matematica. Probabilmente non troverai mai la VERA espressione matematica che genera quei dati, ma ti ci puoi avvicinare (infatti stai costruendo un *modello*).

Non sono così tanto esperto a riguardo e non ho mai usato reti neurali per questi scopi, quindi non so dirti se sia o meno una buona idea utilizzarle. Forse però la cosa potrebbe diventare un po' "ipotetica", non credi? Cioè, se non hai almeno un'idea di quale sia il processo alla base di ciò che stai misurando allora non avrai comunque modo di confermare il risultato che ti sputa fuori la rete neurale...

Credo che altri metodi da considerare prima di buttarsi nelle reti neurali siano la regressione locale (LOESS) o lo spline-fitting.

Poi ad ogni modo il tutto dipende da cosa ci vuoi fare con questo modello, da che tipo di dati stai analizzando etc etc

PS: ho visto alcuni lavori in cui per comparare diversi modelli utilizzano il test di Kolmogorov-Smirnov, scegliendo come migliore quello con la p maggiore. Tuttavia anche negli stessi articoli che fanno uso di questo tipo di test dicono che la cosa è abbastanza arbitraria... (e non so quanto sia statisticamente corretta)



sto guardando qualcosa sulla regressione spline. Son riuscito ad ottenere qualcosa di meglio.
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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 24 luglio 2009 : 17:20:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ravanando in qualche libro ho trovato che il modello è inizialmente lineare, ed infatti guardando la disposizione dei punti sembrerebbe esserlo, successivamente diventa non lineare perchè entra in gioco dei fattori secondari che complicano un casino la situazione. Sarebbe interessante qunatificare fino a che fino a quale valore della x posso dire che il mio modello è lineare. c'è un modo per scoprilo? Potrei imporre che la spline nel primo tratto sia lineare? E' possibile?
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chick80
Moderatore

DNA

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Inserito il - 25 luglio 2009 : 11:39:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hmmmm.... guarda non ho mai giocato troppo con le splines, ma in ufficio ho un paio di libri che forse potrebbero essere utili.
Dovrei passare oggi pomeriggio o domani mattina, guardo e ti faccio sapere se trovo qualcosa.


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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 26 luglio 2009 : 10:26:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Hmmmm.... guarda non ho mai giocato troppo con le splines, ma in ufficio ho un paio di libri che forse potrebbero essere utili.
Dovrei passare oggi pomeriggio o domani mattina, guardo e ti faccio sapere se trovo qualcosa.





ciao Chick ho risolto,

si deve usare il comando RCS contenuto nel pacchetto design, solamente che gli devo dare io il valore oltre il quale l'andamento è lineare e pertanto mi toccherà fare un po' di prove, od in alternativa fare un ciclo for che mi fà variare il punto in cui verrà persa la linearità e prendere la regressione con l'r^2 maggiore.
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serbring
Utente Junior



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Inserito il - 26 luglio 2009 : 12:54:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ultimo problema e poi tutto mi dovrebbe tornare e per un po' R lo pensionerò....:)

vorrei usare il comando predict per trovare i valori del modello di regressione in punti in cui non ho i valori misurati. Solamente che usando il comando in questo modo ottengo errore

prova<-predict(fmspline, data)

dove fmspline è il modello di regressione e data sono i nuovi valori dove calcolare la funzione

R mi dice che Errore in eval(predvars, data, env) : l'argomento di tipo numeric 'envir' non ha lunghezza uno
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chick80
Moderatore

DNA

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Inserito il - 28 luglio 2009 : 15:04:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Guarda, non ho mai usato quelle funzioni, ho provato a darci un'occhiata ma non ci ho cavato fuori troppo sorry.

Però nel frattempo ho trovato questo articolo interessante:
When a good fit can be bad.

PS: se non ti scoccia posteresti un esempio di come fare un fit di una spline (anche con dati fittizi ovviamente), può sempre essere utile a qualcuno in futuro! Grazie mille


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serbring
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Inserito il - 11 agosto 2009 : 16:32:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Guarda, non ho mai usato quelle funzioni, ho provato a darci un'occhiata ma non ci ho cavato fuori troppo sorry.

Però nel frattempo ho trovato questo articolo interessante:
When a good fit can be bad.

PS: se non ti scoccia posteresti un esempio di come fare un fit di una spline (anche con dati fittizi ovviamente), può sempre essere utile a qualcuno in futuro! Grazie mille





grazie per l'articolo sembrerebbe molto interessante ed utile in quello che sto facendo.

scusami se ti rispondo solo ora ma ero in vacanza e prima della partenza dovevo correre per consegnare un lavoro.

Alora ecco come fare il fit di una spline che sia lineare fino a 0.25

x <- seq(0,1,length=250)
y <- (x-0.4)^2 + rnorm(250, 0, 0.05)

plot(x,y)

fit <- lm( y ~ rcs(x, c(0.25, 0.5, 0.75) ) )
fit

lines(x, predict(fit, data.frame(x=x)), col='green')

la funzione rcs si trova nel pacchetto Design. Se serve altro a disposizione ;) per una volta tanto posso essere utile a te. :)






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chick80
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DNA

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Inserito il - 18 agosto 2009 : 11:06:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille! Appena torno a casa (sono ancora in vacanza! ) lo provo

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serbring
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Inserito il - 20 agosto 2009 : 15:16:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da chick80

Grazie mille! Appena torno a casa (sono ancora in vacanza! ) lo provo



finalmente riesco a dirti una cosa su R che te non sapevi ;)
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chick80
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DNA

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Inserito il - 20 agosto 2009 : 19:12:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ehhh... ci fosse solo questa che non so!!!

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serbring
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Inserito il - 26 febbraio 2010 : 13:47:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di serbring Invia a serbring un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ritorno ancora con il mio discorso sulla regressione. Dopo aver calcolato la regressione, l'equazione della retta di regressione lo conoscevo, ho visto che la dispersione, in tutti i casi eccetto uno è bassa. Cmq ho scritto poi l'articolo presentando le curve di regressione con i punti. Il revisore mi ha detto chiesto di sviluppare la statistica dietro a quella tecnica di regressione. Nello specifico cosa vuole che gli mostro? R^2, Gli devo mostrare i vari grafici dei residui? Preciso che il mio articolo è di tipo più che altro sperimentale e che il fine non è quello di verificare se i valori rispecchiano in qualche modo la teoria, ma volevo solo vedere se si poteva fare quella cosa in un certo modo. Ho usato quella formula per mostrare il trend dei miei dati seguono un certo trend attraverso un buon fit. Neanche ho mostrato l'equazione della curva perchè non la ritenevo utile per il fine della pubblicazione; ho solo preso un coefficiente della formula e l'ho mostrato essendo fisicamente utile.
Preciso inoltre, che lui non ha assolutamente idea di quello che sto parlando in quanto il modello si chiama magic formula e lui me l'ha commentata scrivendomi: if this formula is magic, this is the wrong journal . :D Questa formula è incredibilmente famosa ed importante da avere addirittura una pagina su wikipedia.
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