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GFAP
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18 Messaggi

Inserito il - 14 luglio 2009 : 15:17:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFAP Invia a GFAP un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti! Qualcuno sa come analizzare le foto di immunofluorescenza di colture cellulari? mi spiego meglio: devo valutare l'intensità del colore ed ottenere dati per un 'analisi statistica.(magari con imagej..)

grazie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 15 luglio 2009 : 08:43:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora, la questione è tutt altro che banale.
Personalmente sono molto cauto quando si vuole fare un analisi statistica di un'immuno perchè l'intensità del colore è influenzata da molti parametri.

Quindi innanzitutto tieni a mente che:
1) non ha senso comparare esperimenti diversi in valore assoluto. Dovrai rapportare il tutto alla % del controllo in ciascun esperimento
2) devi prendere le immagini esattamente con gli stessi settaggi della camera, altrimenti l'intensità sarà falsata (es. se cambi gain tra il controllo e il trattato). Inoltre non è una buona idea prendere le immagini al microscopio a epifluorescenza (piuttosto un confocale).
3) devi sempre tenere a mente il fatto che l'immunofluorescenza non è necessariamente una tecnica quantitativa. Essendo le tue colture cellulari in generale avrai dei risultati più facili da analizzare che l'immunofluorescenza su tessuto che decisamente invece non è quantitativa.

Per quanto riguarda l'analisi con imageJ puoi provare a usare i plugins di shapelogic
http://www.shapelogic.org/

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GFAP
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18 Messaggi

Inserito il - 22 luglio 2009 : 10:21:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFAP Invia a GFAP un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
GRAZIE. SAi per caso come si usa shapelogic? non riesco a capire come impostare i parametri (max distance ecc..) Devo fargli fare la conta cellulare di astrociti(cioè un unico tipo di cellula) ed una qualche quantificazione del colore di immunofluorescenze...
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 22 luglio 2009 : 11:41:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi spiace, non l'ho mai usato.
Hai provato a leggere i tutorials sul loro sito?
http://www.shapelogic.org/particle.html

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