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amelietta
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
 Inserito il - 16 luglio 2009 : 11:13:51
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ciao a tutti,
avrei bisogno di un aiuto.....vorrei sapere quali sono le sequenze caratteristiche di riconoscimento che posso ritrovare negli introni. Possono essere diverse tra geni diversi o sono comuni per tutti i geni?
ed eventualmente c'è un sito in cui cercare le informazioni gene per gene?
un sacco di domande lo so...
grazie mille
ciaooooooo
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Caffey
Utente Attivo
Città: Perugia
1496 Messaggi |
 Inserito il - 16 luglio 2009 : 11:30:38
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Da quanto ho studiato io, almeno dal punto di vista umano, l'introne è caratterizzato da una GU in 5' e AG al 3'. In più, all'interno della sequenza intronica, troviamo una A detto punto di ramificazione. Credo sia possibile che ci sia variabilità ma non saprei spiegarti di più, mi dispiace 
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 luglio 2009 : 14:52:45
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Le sequenze regolatorie piu' comuni sono:
- GTAAGT al 5'
- un sito chiamato branching point, piu' o meno a due terzi della sequenza, formato da una A seguita, a circa 20 nucleotidi di distanza, da un tratto di polipirimidine
- AG al 3'
Qui lo spiega bene, e vi sono alcune immagini:
- http://chemistryolife.blogspot.com/2007/12/splice-site_06.html |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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amelietta
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 16 luglio 2009 : 16:16:03
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grazie per le informazioni.
io usando la seq di ramificazione YNCURAY ho fatto tutte le possibili combinazioni di 7 basi considerando che alla Y può corrispondere sia C che T e così via per N ed R (ne ho ottenute 32)
Guardando nel mio introne ho trovato che ci sono 5 di queste sequenze. Ce ne sono così tante percheè possa avvenire lo splicing alternativo? o devo cercare il tratto di polipirimidine per capire qual'è la sequenza "vera"?
ciaoo e grazieeee |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 17 luglio 2009 : 11:08:54
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E' possibile che ve ne siano piu' di una, per splicing alternativo, anche se 5 sono tante.
Per convenzione si prende solo il sito piu' vicino al tratto di polipirimidine, considera che YNCURAY é una sequenza abbastanza generica e l'unico sito ad essere sempre conservato é la A in penultima posizione. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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amelietta
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 20 luglio 2009 : 23:40:10
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grazie dallolio_gm,
continuerò a cercare e a sequenziare anche perchè di alcuni introni ho solo parti incomplete ....
in uno degli introni che sto studiano, ad esempio, ritrovo solo una delle sequenzwe YNCURAY ma la cosa strana è che la ritrovo a circa 5 basi dall'inizio dell'esone successivo e quindi di certo non può essere quello il sito di riconoscimento....boh
qualcuno mi sa indicare dove posso trovare ulteriori informazioni,siti interessanti ecc
grazie e ciao |
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