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Xantofilla
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
 Inserito il - 21 agosto 2009 : 18:18:00
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Ciao a tutti! Ho una perplessità sul nome dell'intercalante usato per l'esposizione agli UV (e determinazione della concentrazione) di DNA di macroalga. Mi è stato detto che non si è usato il bromuro di etidio, ma un altro composto di cui però non ricordo assolutamente il nome (mi è stato detto anche che non si conosce ancora bene la sua tossicità e che però l'etidio bromuro è più tossico).. potrebbe essere il SYBR green (ho saputo della sua esistenza leggendo ora su internet)?
Vi sarei molto grata se mi aiutaste, non so che pesci pigliare!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 21 agosto 2009 : 18:28:04
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Sì, probabilmente è il SYBR green.
Tuttavia, pur essendo "meno tossico" ricorda che qualsiasi cosa si intercali nel DNA bene di sicuro non fa. |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
 Inserito il - 22 agosto 2009 : 01:21:38
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dubito che si possa utilizzare il sybergreen per quantizzare bene un DNA, é un pessimo intercalante, si usa solo nella real-time a quanto ne so io, e c'é una continua lamentela sulle sue capacità. In pratica il syber lega in maniera variabile il dna secondo la sequenza ed il rapporto di concentrazione dna/syber. Per cui é un pessimo marker per gel, mentre per la rt-pcr il dna amplificato é sempre lo stesso e la concentrazione di syber nella mastermix é costante. Tuttavia la lamentela nasce dal cambio di rapporto dna/syber durante l'amplificazione. Alcune ditte hanno infatti altri intercalanti migliori ma anche molto più costosi.
Per esperienz il syber, utilizzato come l'etidio, ha una grossa variabilità. A volte non fa vedere le bande piccole, solo alcune, a volte l'intensità delle bande non corrisponde alla sua effettiva quantità.
Per il gel di agarosio ci sono centinaia di marcatori come l'etidio ma molto meno tossici. Secondo la mia esperienza sono tutti meno efficienti e soprattutto non vanno bene in utte le condizioni.
Io utilizzavo il gel-red ad esempio, ma se cerchi in giro ne troverai parecchi.
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Xantofilla
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 22 agosto 2009 : 11:36:14
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| Ok, vedrò di informarmi per bene, grazie comunque! ^.^ |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 24 agosto 2009 : 18:19:15
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Si di intercalanti del DNA ne esistono molti, come dice Neuroscience, è meglio che chiedi di cosa si tratta perché potremmo solo tirare ad indovinare!
Riguardo al Gel-Red:
Citazione:
Messaggio inserito da Neuroscience
Io utilizzavo il gel-red ad esempio...
Neuroscience come ti sei trovato?
Io dovevo provarlo, mi avevano mandato un campione in prova, ma io non ero in Italia e quando è stato provato ormai si era seccato, quindi mi è rimasta la curiosità! |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 24 agosto 2009 : 18:30:48
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Non ti sei persa niente.
Mi sono trovato molto male
In pratica, anche se pubblicizzato diversamente, le bande al di sotto (o al di sopra) di un certo peso molecolare non si vedevano... iniziai a predicare in cirillico con un accento di volgarità partenopeo.
Non perché non funzionasse il gel-red, ma perché non riuscivo a vedere un clone positivo, e le genotipizzazioni erano uscite tutte di un solo tipo.
Non ricordo cosa notai di strano, ma per fortuna dubitai dello staining.
Anche se pensavo che fosse una mossa alquanto disperata misi il gel in etidio bromuro e lo feci migrare controcorrente con l'etidio... quando l'editio raggiunse i campioni vidi comparire in modo miracoloso una fascia di bande prima letteralmente invisibili.
Ho mandato a quel paese quelli della ditta risalendo fino al 4 grado di parentela. Stavo per buttare una settimana di lavoro e tutto il kit di genotipizzazione.
Le altre esperienze che ho sentito in giro sono state comunque pessime anche se meno drammatiche. La lamentela che mi è giunta più di frequente è la mancata corrispondenza tra l'intensità della banda e la quantità di DNA effettivamente presente.
Ho provato anche altri composti, l'esperienza non è stata mai abbastanza positiva.
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Dubbio intercalante per DNA (PCR)
Didattica
