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Ptrowsky
Nuovo Arrivato




4 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2006 : 19:45:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ptrowsky Invia a Ptrowsky un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti, dovendo creare un programma di vector,primer design e ascolto ogni impressione sugli attuali software, critiche, funzionalitą richieste etc. etc.

Grazie e ciao a tutti.

chick80
Moderatore

DNA

Cittą: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 05 maggio 2006 : 23:41:57  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Alcune funzionalita' che a mio parere sarebbero interessanti da mettere:

- possibilita' di convertire da uno strand all'altro (possibilmente con non piu' di 2 operazioni! )
- "predizione" di primer dimer e strutture secondarie varie
- possibilita' di simulare un ciclo di PCR (es come puoi fare con Amplify)
- integrazione diretta con Blast (!) per controllare di non avere altri appaiamenti.

se mi vengono in mente altre cose ti faccio sapere!

ciao e in bocca al lupo!

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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 06 maggio 2006 : 11:09:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ti consiglierei di dare un'occhiata agli altri software, vedi ad esempio su http://bioinformatics.org/ e su http://biowww!net/search.php?pg_which=2&keyword=primer [*].

Citazione:
- integrazione diretta con Blast (!) per controllare di non avere altri appaiamenti.
Attento Chick ad usare blast per trovare i primers, perchč non č il programma ideale per trovare sequenze molto corte. Conviene cercare di aggiustare al meglio i parametri come scritto qui -> http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml#shortn , oppure usare un algoritmo non euristico (tipo quello di Needleman - Wunsch, http://www.ebi.ac.uk/emboss/align/) oppure qualche altro programma specifico.
ciao!



[*] sostituisci '!' con il '.' perchč non riesco a quotare il sito!

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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chick80
Moderatore

DNA

Cittą: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 06 maggio 2006 : 12:27:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mah, di solito blast mi funziona alla perfezione abbassando la word size.

Cmq personalmente credo che il risultato conclusivo non ce l'hai fino a quando non provi a fare una PCR con quei primers!

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