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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
 Inserito il - 12 settembre 2009 : 11:05:05
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sapete indicarmi un software per fare una retta di taratura ? Per esempio ho fatto correre dei frammenti di PCR con un marker lambda BstE, mi servirebbe un software che sia in grado di creare una retta di taratura dove in acissa ci sia la disatanza percorsa sul gel in mm e in ordinata il log del peso molecolare dei frammentio di DNA.
Aiutatemiiiii
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Una teoria può esserre provata da un esperimento. Ma nessun percorso guida dall'esperimento alla nascita di una teoria |
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domi84
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chick80
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
Inserito il - 17 settembre 2009 : 15:18:44
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| Mi sono espresso male... Sapevo che con Exel era possibile fare dei grafici di qst tipo, il problema nasce dal fatto di misurare le distanze che il DNA percorre, per essere usato nella coastruzione di una retta di taratura, e mi chiedevo se c'erano dei software che permettevano di farlo automaticamente |
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chick80
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
Inserito il - 18 settembre 2009 : 17:38:02
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Non so proprio come fare Chick80. Sai, quando ho preso le fotografie del gel le ho dovute fotocopiare e poi portare sul pc con uno scanner, ti lascio solo immaginare che risoluzione possono avere 
Io personalmente ho immaginato di risolvere il problema in qst modo:
Bhe in un gel di agarosio la distanza percosa dal DNA che si vuole separare è inversamente proporsionale al log pb , infatti piu distante arriva, piu il frammento è piccolo, cosi d= 1/log pb , per esempio se il primo standard è di 2313 pb allora avrà percorso sul gel d= 1/log 2313 =0,29cm...??? un pò pochino non credi !!
Per caso c'è un sito che mi dice la distanza percorsa da i marker |
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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
Inserito il - 18 settembre 2009 : 17:41:15
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oppure vedi qst allegato il marker è lambda BstE
Allegato:  doc1.doc
27,04 KB |
Una teoria può esserre provata da un esperimento. Ma nessun percorso guida dall'esperimento alla nascita di una teoria |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 18 settembre 2009 : 18:20:51
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La distanza percorsa non dipende solo dalla dimensione!
Dipende da
1) la % di agarosio
2) il voltaggio applicato
3) la durata della corsa
Sai che è *proporzionale* al log della lunghezza, non *uguale*, è proprio per questo che usi il marker!!!
Lo puoi fare anche a mano: misuri la distanza percorsa dalle varie bande del marker (che sono di lunghezza nota), fai un grafico distanza-lunghezza con scala semilogaritmica, costruisci una retta di regressione e poi trovi la lunghezza del tuo frammento su questa retta, a seconda di quanto ha migrato. |
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