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Autore

Discussione

elenaita
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 04 ottobre 2009 : 16:26:29

ciao, cosa succede se la temperatura di fusione � inferiore alla temperatura d'ibridazione? (per una primer?). Tm= 51.8�C e Ta=55�C

grazie

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 05 ottobre 2009 : 10:12:21

In che senso cosa succede???

La Tm � definita (pi� o meno, hai valori un po' diversi in base alle formule che usi per calcolarla), la Ta la scegli tu!
In genere per una PCR si sceglie una Ta di circa 5�C inferiore alla Tm, ma in realt� la Ta ottimale va trovata sperimentalmente, esistono anche casi in cui si utilizzano Ta superiori alla Tm, questo perch� vale sempre questa regola:
- la Tm � la temperatura in cui il 50% del primer sar� ibridato e il 50% sar� libero
- a Ta < Tm hai "pi�" primer legato, ma si pu� legare anche in modo aspecifico
- a Ta > Tm si legher� "meno" primer ma il legame sar� pi� specifico.

Poi cosa "succede" realmente dipende dalla singola reazione di PCR.

elenaita
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 05 ottobre 2009 : 10:24:25

Ciao!Grazie per la tua risposta!!!

Per cosa succede intendevo chiedere se la reazione poteva avvenire ugualmente. Infatti ho sempre visto che si sceglie una Tm inferiore alla Ta... ma seguendo un protocollo la Ta che dovevo usare era superiore alla Tm che avevo calcolato. E visto che non ho alcun risultato mi chiedevo se poteva essere un motivo!

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 05 ottobre 2009 : 11:25:34

Beh potrebbe essere quello, ti suggerisco di fare delle prove a diverse Ta e vedere i risultati, poi valuti qual'� la migliore.