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marilu142
Nuovo Arrivato

4 Messaggi

Inserito il - 06 ottobre 2009 : 19:31:41

Ciao a tutti,
conoscete qualche software gratuito per fare analisi di pathway?
Ho circa 40000 geni da analizzare o meglio i loro logaritmi inseguito ad analisi di microarray e dovrei scoprire di che pattern fanno parte e il loro andamento ai vari passaggi in coltura.

Grazie mille in anticipo!

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 06 ottobre 2009 : 20:02:52

Non è per nulla una cosa semplice.
Potresti provare a fare del clustering utilizzando ad es. un algoritmo di k-means.
Come impostarlo dipende molto da che tipo di dati hai.

Sicuramente consiglierei R e Bioconductor.
E un bravo bioinformatico.

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marilu142
Nuovo Arrivato

4 Messaggi

Inserito il - 06 ottobre 2009 : 22:27:30

Grazie mille! Si sono purtroppo consapevole che è un lavoro lungo e come disse un bioinformatico... "ambizioso" ma me tocca!
Anche un altro mio amico mi ha sugerito R... tu sei abbastanza ferrato con questo prog per darmi delle dritte?
Sono alle prime armi...

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 06 ottobre 2009 : 23:45:28

Con R sono abbastanza ferrato. Con l'analisi di microarray un po' meno.

Se sei proprio a digiuno ti consiglio i vari tutorial introduttivi che trovi su CRAN:
http://cran.r-project.org/
Sulla sinistra vai sul link "Manuals". Lì trovi "introduction to R" che non è niente male.
Nella sezione "Contributed" trovi uno "Statistics Using R with Biological Examples" che è anche un buon punto di partenza.
Sempre nella sezione "Contributed" trovi anche materiale in italiano (verso fondo pagina)

Ti consiglio anche il libro: "Exploratory data analysis with Matlab" di Martinez & Martinez che, seppur centrato su Matlab e non su R è utile per comprendere concetti quali il clustering, la normalizzazione dei dati, l'analisi delle componenti principali etc. tutte cose che possono sicuramente servirti per un lavoro del genere che, concordo con il tuo amico, è molto ambizioso.

Ovviamente fai una ESTENSIVA ricerca di letteratura prima di mettere mano sui tuoi dati. Lavori simili sono di sicuro già stati fatti, quindi è inutile reinventare l'acqua calda: se puoi utilizzare metodi preesistenti, tanto meglio!

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marilu142
Nuovo Arrivato

4 Messaggi

Inserito il - 07 ottobre 2009 : 07:59:53

Grazie mille delle dritte che mi hai dato, inizio come hai detto tu dai tutorial e nella letteratura...sperando di trovare qualche spiraglio di luce! :)

Spero di trovarti qui in caso di necessità!

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