Dopo una PCR supponendo di voler purificare il prodotto di amplificazione da contaminanti di vario tipo (prodotti aspecifici, incompleti) mediante gel-elettroforesi per una successiva ligazione in un vettore, come si può procedere? Il buffer di partenza non deve essere sostituito con uno compatibile con la corsa e poi successivamente con la ligazione?
Non ho capito benissimo la tua domanda. Comunque il genere quello che puoi fare è seminare il prodotto di PCR su un gel e dopo l'elettroforesi excidere dal gel la banda contenente il tuo amplificato, purificarlo e poi procedere alla ligazione.
Non mi è chiaro il tuo discorso sui buffer comunque ovviamente in ogni passaggio utilizzi i buffer appropriati, ma non è che li sostituisci: per seminare il prodotto di PCR gli aggiungi il sample buffer che conterrà glicerolo (o saccarosio) per far precipitare il campione nel pozzetto e uno o più coloranti per seguire la corsa. Poi una volta estratto il frammento dal gel, quando devi fare la ligazione userai il buffer per la ligazione.