| Autore |
Discussione |
|
|
fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
 Inserito il - 23 maggio 2006 : 12:31:49
|
Help scienziati!
nel caso del progetto genoma,insomma in generale per i genomi annotati si parla di contig..cosa sono i contig?son praticamente una specie di sequenza risultato di una media statistica tra varie sequenze di overlapping fragments?
|
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
|
|
fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 23 maggio 2006 : 12:47:29
|
 |
 |
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 23 maggio 2006 : 12:53:07
|
In parole povere e' uno degli stadi nel riassemblamento della seq. di un genoma.
I sistemi di sequenziamento attuali sono in grado di garantire una buona precisione solo su frammenti di alcune centinaia di basi, e per questo per seq. un genoma intero e' necessario spezzettarlo.
In una delle strategie piu' importanti, il sequenziamento shot-gun (utilizzata dalla Celera Genomics), il genoma da sequenziare viene spezzattato in frammenti molto piccoli, ottenendo un pool di seq. di ~2Kb parzialmente sovrapposti, che vengono sequenziati indipendentemente.
Alla fine della procedura ti ritrovi una grande quantita' di stringhe di DNA, dalle quali devi trovare il modo di ricomporre la seq. del genoma originale.
Questo si puo' ottenere cercando le sottosequenze che sono state sequenziate in piu' frammenti (overlapping sequences), e ricomponendo il tutto al computer attraverso tre o quattro stadi ben definiti.
Uno di questi stadi e' proprio quello in cui ottieni i contig, che rappresentano le seq. piu' lunghe ottenibili; il problema e' che come sai il genoma degli eucarioti e' molto ricco di sequenze ripetute, a causa delle quali e' difficile assemblare con precisione alcuni frammenti.
Quindi come spiegato anche su wikipedia (http://en.wikipedia.org/wiki/Contig), si utilizzano delle 'mappe di contig' per cercare di capire la posiz. dei contig all'interno del genoma. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
fpotpot
Utente
Città: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 23 maggio 2006 : 12:59:30
|
grazie mille!!! |
|
|
|
Nirvangirl
Nuovo Arrivato
Prov.: NA
80 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2010 : 11:39:09
|
Ragazzi scusate ma cos'è un "Overlap"? e cosa sono le "overlapping sequences"? Non ho capito bene 
Poi un'altra cosa non mi ricordo cosa significa "pg" ad esempio in questa frase:
C-value è la quantità di Dna di un genoma aploide espressa in pg
Mi aiutate please? |
|
|
|
GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2010 : 12:55:42
|
Citazione:
Messaggio inserito da Nirvangirl
Ragazzi scusate ma cos'è un "Overlap"? e cosa sono le "overlapping sequences"?
Overlap = sovrapposizione
overlapping sequences = sequenze sovrapposte
Avendo delle sequenze che sono in parte sovrapposte le puoi "unire" nel giusto ordine ottenendo la sequenza completa.
Citazione:
Messaggio inserito da Nirvangirl
Poi un'altra cosa non mi ricordo cosa significa "pg" ad esempio in questa frase:
C-value è la quantità di Dna di un genoma aploide espressa in pg
picogrammi |
|
|
|
Nirvangirl
Nuovo Arrivato
Prov.: NA
80 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2010 : 13:16:22
|
Grazie mille!!!
Per caso mi sapresti spiegare cos'è un Pattern? e cosa sono le "SSLP"? |
|
|
|
GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2010 : 15:39:35
|
Pattern vuol dire "motivo".
Dovresti dirci qualcosa di più specifico perchè può essere utilizzato per molte cose, ad es. si può parlare di "pattern elettroforetico" che altro non è che come sono disposte le bande in una elettroforesi.
Riguardo agli SSLP guarda qui: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=13521#63643 |
|
|
|
Nirvangirl
Nuovo Arrivato
Prov.: NA
80 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2010 : 15:43:50
|
Allora io sul libro ho questa definizione di SSLP (che nn ho capito):
sono sequenze polimorfiche caratterizzate dalla ripetizione in numero variabile di volte di un pattern definito come ad esempio specifici di- o tri- nuclotidi.
Ho letto il link che mi hai messo
STR (= Short Tandem Repeat) che sono i microsatelliti.
Quindi i microsatelliti possono anche essere chiamati direttamente STR o c'è qualche differenza?
Poi le ripetizioni intersperse sono quelle che si trovano sparse in tutto il genoma? va bene come definizione? |
|
|
| |
Discussione |
|
contig sequence
Didattica
