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Soshi Fujiwara
Nuovo Arrivato

Soshifujiwara


60 Messaggi

Inserito il - 22 ottobre 2009 : 11:03:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Soshi Fujiwara Invia a Soshi Fujiwara un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti, nonostante vi legga da tanto tempo non ho mai pensato di scrivere nulla, ma è arrivato il momento. Credo di essere nel posto giusto.

Vi espogo il mio problema:
ho appena concluso uno studio su una popolazione segregante di F2 (mi riferisco quindi a vegetali) per capire quale fosse la distanza in cM (quindi relativa) tra alcuni marcatori e il gene a cui sono associati.
Attualmente ho quindi una quantità di dati esagerata poichè avevo quasi mille piante su cui testare i marcatori da confrontare con il fenotipo, ma conoscere la distanza in cM non mi basta più.
Vorrei sapere se è possibile (mediante software credo di si) riuscire a fare una sorta di mini-mappa per capire se i marcatori stanno tutti dalla stessa parte rispetto al gene, se sono un pò a monte e un pò a valle.. Tutto ciò esiste? Si può fare?
A disposizione ho:
- 1000 piante F2 di cui conosco il fenotipo
- Dati di segregazione dei marcatori associati
- Piante ricombinanti per i marcatori
- Ovviamente il PC!!

Attendo vostre segnalazioni, grazie!!

Tutto ciò che esiste ed è in questo mondo,
sommi spiriti dei cieli, sommi spiriti della terra,
ogni cosa esista come deve.
Or ora così sia norma!

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 22 ottobre 2009 : 19:37:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Accidenti, non ho bene chiaro come impostare il tuo problema, per cui non mi viene in mente il programma di cui hai bisogno.
Prova a dare una occhiata a arlequin (documentazione) o mega e vedere se ti sono utili.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Soshi Fujiwara
Nuovo Arrivato

Soshifujiwara



60 Messaggi

Inserito il - 22 ottobre 2009 : 23:19:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Soshi Fujiwara Invia a Soshi Fujiwara un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se posso dare qualche delucidazione in modo da essere più chiaro chiedi pure, sono qui apposta per farmi aiutare!!
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