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 Allineamento con Needleman-Wunsch e Smith-Waterman
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cammaratamarco
Nuovo Arrivato



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Inserito il - 28 ottobre 2009 : 16:21:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cammaratamarco Invia a cammaratamarco un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti!
Vorrei chiedere delucidazioni in merito agli algoritmi di allineamento in oggetto. Non è che non ci sia materiale sulla rete, però proprio non riesco a capire quali siano gli step da implementare in un algoritmo nel caso di Needleman-Wunsch e Smith-Waterman. Qualcuno sarebbe così gentile di farmi un esempio pratico (ma semplice, ovviamente) utilizzando per entrambi i casi la sequenza "HOMEWORK" e una sua permutazione (tipo "HMOERKWO") e utilizzando +1 per i match e -1 altrimenti?
Ve ne sarei eternamente grato. Andrebbero bene anche degli altri esercizi svolti oppure qualcosa dove viene spiegato passo-passo cosa fare.
Grazie mille!

Marco

cammaratamarco
Nuovo Arrivato



15 Messaggi

Inserito il - 29 ottobre 2009 : 11:22:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cammaratamarco Invia a cammaratamarco un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Nessuno può rispondermi?
Per me è molto importante... e mi sa che con 11 visite fatte presumibilmente da moderatori/amministratori che non rispondono, allora posso attrezzarmi per cercare da qualche altra parte.
Sono disperato... qui dove mi trovo (in Belgio) le cose le spiegano, ma in francese, ed io non ci capisco nulla.
Sono disperato...
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 29 ottobre 2009 : 12:38:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
abbi pazienza, non è sempre facile trovare il tempo per scrivere.. e a dire la veritá, penso che sia stato giá spiegato negli archivi del forum.


Prova a dare una occhiata qui:
- http://www.maths.tcd.ie/~lily/pres2/sld001.htm
e a questo tool:
- http://baba.sourceforge.net/

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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cammaratamarco
Nuovo Arrivato



15 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2009 : 19:55:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cammaratamarco Invia a cammaratamarco un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Dopo tante (ma proprio tante) difficoltà sono riuscito a capire come fare questi allineamenti secondo i due algoritmi ben noti .

Però mi viene un dubbio (forse stupido): è normale che per due sequenze si arrivi allo stesso allineamento globale mediante l'utilizzo dei due algoritmi diversi? Piuttosto, potrebbe essere la dimostrazione che ho fatto tutto bene... lo spero.
Aspetto delucidazioni.

Grazie di tutto per l'aiuto.
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2009 : 19:37:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ehi ciao,
scusami per tutti questi ritardi :-)

Credo che le sequenze che avevi portato come esempi (HOMEWORK e HMOERKWO) non siano buone per mostrare come funziona l'allineamento, perchè si vede ad occhio che hanno ben poco in comune (mi sembra solo 'WO').

Dovresti provare con un esempio migliore..... come 'HOMEWORK' e 'AAAHOMEWAAARK'

Per il tuo esempio è normale che allineamento globale e locale diano lo stesso (pessimo) risultato, prova con sequenze diverse.
Il funzionamento di Smith-Waterman per l'allineamento locale è identico a quello di Needleman-Wunsch per il globale, l'unica differenza è che quando una casella assume valore negativo, si scrive 0 anzichè il numero negativo.

Se hai ancora dubbi chiedi ancora, se vuoi prova a scrivere quello che hai capito dell'algoritmo, e ti diremo se va bene.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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