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Alita
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11 Messaggi

Inserito il - 24 maggio 2006 : 16:25:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Alita Invia a Alita un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti! qualcuno mi può spiegare come funziona il Dna microarray? Il concetto di base e le tecniche.Aiuto...
Non ci capisco niente,ma devo conoscere questa nuova tecnica perchè oltre all'onorevole fine di farmi passare un esame, ne riconosco l'importanza..Credo che una biotecnologa deve sapere queste tecniche.
Grazie mille!!

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 24 maggio 2006 : 17:42:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao!
Beh per dirla in poche parole i microarray servono per confrontare la diversa espressione di geni in due diverse popolazioni: ad esempio un campione di controllo e uno con un determinato trattamento (ad es. farmaco).
Si estrae l'RNA dai due campioni, si retrotrascrive formando il cDNA. Il cDNA viene marcato durante o dopo la sintesi con sostanze fluorescenti (diverse nei due campioni) o con isotopi radioattivi. Poi il cDNA viene messo su un vetrino o una membrana dove sono "spottate" (cioè attaccate ogniuna una singola zona "spot") delle sonde per i vari geni. Se è presente il cDNA ad es. del gene A si legherà alla sua sonda complementare sul supporto e così via... alla fine ottengo un pattern (spot positivi o negativi) e so quale gene è espresso nel mio campione. Dal confronto dei due campioni vedo se un gene è maggiormente o minormente espresso in due diverse condizioni.
Ovviamente non ho solo positività o negatività, ma gli spot sono anche di diverse intensità in base al livello di espressione, più è intenso più è espresso il gene.

Beh questo era solo un assaggio per darti un'idea, ti consiglio di dare un'occhiata a questi siti, che ti spiegano più dettagliatamente e... con le immagini.
Il terzo sito è una animazione simpatica che ti fa vedere sperimentalmente come si fa.

http://www.ioideo.it/articolo.asp?ID=758&IDmagazine=2004002&IDLanguage=ITA
http://www.biogate.it/microarrays/microarrays.html
http://www.bio.davidson.edu/Courses/genomics/chip/chip.html

Spero di esserti stata utile, se hai domande riscrivi e in bocca al lupo per l'esame.
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 24 maggio 2006 : 17:56:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ops scusa,
mi sono accorta di un errore, in realtà quelli su membrana sono i MACROarray, i microarray sono quelli su vetrino!
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Alita
Nuovo Arrivato




11 Messaggi

Inserito il - 18 giugno 2006 : 20:10:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Alita Invia a Alita un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille per la detagliata risposta, mi è stata molto utile!! Ho cercato anche su altri libri ma ora mi è sicuramente più chiara la tecnica!!
Si basa sullo stesso concetto il chip on chip? per valutare l'attività di un promotore...
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 22 giugno 2006 : 13:15:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao Alita,
ho visto solo oggi la tua risposta.

Citazione:
Si basa sullo stesso concetto il chip on chip? per valutare l'attività di un promotore...


Il ChIP on chip (si scrive così!) dove ChIP sta per Chromatin ImmunoPrecipitation è in sostanza l'insieme di due tecniche:
1) L'immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) in cui utilizzando un anticorpo specifico per una proteina che si lega al DNA (promotore) precipito la proteina e il DNA legato, poi degrado il DNA "nudo" (cioè non legato alla proteina) e stacco la proteina legata, così mi rimane solo il frammento di DNA che posso analizzare mediante PCR.
2) la seconda tecnica è appunto il microarray (chip) in cui metto sul "chip" quello che ho ottenuto dalla immunoprecipitazione "ChIP".


Questa è un'immagine schematica della tecnica:

Immagine:

90,24 KB

Poi c'è anche un sito specifico a cui puoi dare un'occhiata: http://www.chiponchip.org/index.html
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Alita
Nuovo Arrivato




11 Messaggi

Inserito il - 20 luglio 2006 : 18:00:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Alita Invia a Alita un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao!ho letto solo ora il messaggio!grazie mille!Spiegazione chiarissima,molto più che a lezione!!
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byrjun84
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 16 agosto 2009 : 19:23:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di byrjun84 Invia a byrjun84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti, vorrei chiedervi una delucidazione :

perchè con i microarray spotted è possibile effettuare delle ibridazioni contemporaneamente e con l'affymatrix no?

grazie mille in anticipo
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